Molecular atlas of the brain across the human lifespan

Informacje na temat projektu

BRAINTIME

Identyfikator umowy o grant: 874606

DOI

10.3030/874606

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 6 Grudnia 2019

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2020

Data zakończenia 30 Czerwca 2022

Finansowanie w ramach

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Koszt całkowity

€ 4 328 051,25

Wkład UE

€ 4 328 051,25

Koordynowany przez

KAROLINSKA INSTITUTET
Sweden

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (15)

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autorzy: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Opublikowane w: Cell, 184 (12), Numer 00928674, 2021, Strona(/y) 3281-3298, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Comparison of seven single cell whole genome amplification commercial kits using targeted sequencing

Autorzy: Tamir Biezuner, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Yael Fried, Elena Ainbinder, and Ehud Shapiro
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 20452322, 2021, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-96045-9

Lineage recording in human cerebral organoids

Autorzy: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 15487091, 2021, Strona(/y) 90-99, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000524021

Single-cell RNA-sequencing of mammalian brain development: insights and future directions

Autorzy: Elin Vinsland , Sten Linnarsson
Opublikowane w: Development, Numer 09501991, 2022, ISSN 0950-1991
Wydawca: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200180

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics.

Autorzy: Giovanna Brancati; Barbara Treutlein; J. Gray Camp
Opublikowane w: Neuron, 107 (6), Numer 08966273, 2020, Strona(/y) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation.

Autorzy: Mittnenzweig M, Mayshar Y, Cheng S, Ben-Yair R, Hadas R, Rais Y, Chomsky E, Reines N, Uzonyi A, Lumerman L, Lifshitz A, Mukamel Z, Orenbuch AH, Tanay A*, Stelzer Y*.
Opublikowane w: Cell, Numer 00928674, 2021, Strona(/y) 2825-2842, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

Evolutionary cell type mapping with single-cell genomics

Autorzy: Tanay A*, Sebé-Pedrós A*.
Opublikowane w: Trends in Genetics, Numer 01689525, 2021, Strona(/y) 919-932, ISSN 0168-9525
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.04.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Autorzy: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S.Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, NoaChapal-Ilan, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Bara Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Werner-Klein…Ehud Shapiro
Opublikowane w: Cell Reports Methods, Numer 26672375, 2021, ISSN 2667-2375
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054

The Organoid Cell Atlas

Autorzy: Christoph Bock, Michael Boutros, J. Gray Camp, Laura Clarke, Hans Clevers, Juergen A. Knoblich, Prisca Liberali, Aviv Regev, Anne C. Rios, Oliver Stegle, Hendrik G. Stunnenberg, Sarah A. Teichmann, Barbara Treutlein, Robert G. J. Vries & the Human Cell Atlas ‘Biological Network’ Organoids
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer 10870156, 2021, Strona(/y) 13-17, ISSN 1087-0156
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-00762-x

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Autorzy: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Opublikowane w: eLife, Numer 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69745

Metacell-2: a divide-and-conquer metacell algorithm for scalable scRNA-seq analysis.

Autorzy: Ben-Kiki O, Bercovich A, Lifshitz A, Tanay A
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 1474760X, 2022, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02667-1

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autorzy: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp& Barbara Treutlein
Opublikowane w: Nature, Numer 00280836, 2022, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

The intrinsic and extrinsic effects of TET proteins during gastrulation

Autorzy: Saifeng Cheng, Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Aviezer Lifshitz, Marko Dunjić, Yoach Rais, Raz Ben-Yair, Stephanie Gehrs, Elad Chomsky, Zohar Mukamel, Hernan Rubinstein, Katharina Schlereth, Netta Reines, Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay, Yonatan Stelzer
Opublikowane w: Cell, Numer 00928674, 2022, Strona(/y) 3169-3185, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.049

NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency

Autorzy: "H.-C. Lin*, Z. He*, S. Ebert*, M. Schörnig, M. Santel, A. Weigert, W. Hevers, N. N. Kasri, E. Taverna, J. G. Camp#, B. Treutlein#,"
Opublikowane w: Stem Cell Reports, Numer 22136711, 2021, Strona(/y) 2118-2127, ISSN 2213-6711
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.07.006

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Autorzy: Ofir Raz; Liming Tao; Tamir Biezuner; Tzipy Marx; Yaara Neumeier; Narek Tumanyan; Ehud Shapiro
Opublikowane w: International Journal of Molecular Sciences; Volume 23; Numer 11; Pages: 6161, Numer 14220067, 2022, Strona(/y) 6161, ISSN 1422-0067
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

Non-peer reviewed articles (1)

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human organoid development

Autorzy: "P. Wahle*, G. Brancati*, C. Harmel*, Z. He*, G. Gut, A. Santos, Q. Yu, P. Noser, J.S. Fleck, B. Gjeta, D. Pavlinić, S. Picelli, M. Hess, G. Schmidt, T. Lummen, Y. Hou, P. Galliker, M. Renner, L. Pelkmans#, B. Treutlein#, J.G. Camp"
Opublikowane w: BioRxiv, Numer 26928205, 2022, ISSN 2692-8205
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.16.484396