Projektbeschreibung
Nukleosomenstruktur und Chromatintranskription
Das Nukleosom ist der grundlegende Bestandteil von Chromatin und unterstützt die Verdichtung der DNA, sodass diese in den Zellkern passt. Die Struktur eines Nukleosoms besteht aus DNA, die um Histonproteine gewickelt ist. Über die molekularen Mechanismen, die der Chromatintranskription zugrunde liegen, ist jedoch noch zu wenig bekannt, da sich die meisten bedeutenden Studien bislang auf nackte DNA, nicht aber auf das Chromatin konzentriert haben. Das EU-finanzierte Projekt CHROMATRANS schlägt daher einen nächsten Schritt vor, um das Verständnis vom Transkriptionsmechanismus voranzubringen und die strukturelle Grundlage für die Transkription von Chromatin-Matrizen durch die Polymerase II (Pol II) zu erforschen. Hauptziel des Projekts ist es, die Strukturen von Nukleosom-gebundenen Initiationsfaktoren, die Struktur des Pol-II-Präinitiationskomplexes am Nukleosom bei Transkriptionsbeginn sowie die Strukturen von Pol-II-Elongationskomplexen in Säugetieren zu bestimmen.
Ziel
Transcription of protein-coding genes by RNA polymerase II (Pol II) governs cell identity and fate. We previously provided the structural basis of Pol II transcription initiation (ERC Advanced Grant TRANSIT: Sainsbury, Nature 2012; Lariviere, Nature 2012, Plaschka, Nature 2015) and of Pol II elongation regulation (ERC Advanced Grant TRANSREGULON: Vos, Nature 2018; Vos & Farnung, Nature 2018). These studies elucidated the mechanisms of transcription regulation. However, they were conducted on naked DNA, and not on chromatin, which is the natural template in cells and regulates transcription in many ways. As a consequence, the molecular mechanism underlying chromatin transcription and the regulatory interplay between chromatin and the transcription machinery remain poorly understood. Here I propose to take the next big step towards an understanding of the transcription mechanism and investigate the structural basis for Pol II transcription of chromatin templates. Integrated structural biology will provide structures of the transcription machinery on nucleosomal DNA. Nucleosomes are the building blocks of chromatin and regulate transcription in many ways. In particular, we will solve structures of pioneer factors bound to nucleosomes, to investigate how chromatin is opened locally for transcription (aim 1). We will solve the structure of the Pol II pre-initiation complex on the ‘+1’ nucleosome at the beginning of a gene, to understand how initiation is regulated by this specialized nucleosome (aim 2). Finally, we will determine structures of mammalian Pol II elongation complexes with many factors during nucleosome passage, to elucidate how Pol II transcribes chromatin (aim 3). Together with functional analysis in vitro and in vivo, these ground-breaking efforts will take the structural biology of transcription regulation to the chromatin level. The proposed research will also advance methods for the reconstitution and analysis of transient, higher-order complexes.
Wissenschaftliches Gebiet
Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
Thema/Themen
Finanzierungsplan
ERC-ADG - Advanced GrantGastgebende Einrichtung
80539 Munchen
Deutschland