Opis projektu
Struktura nukleosomu i transkrypcja chromatyny
Nukleosom stanowi podstawową część chromatyny i pomaga w upakowaniu DNA w jądrze komórkowym. Nukleosom składa się z odcinka DNA nawiniętego na białka histonowe. Mechanizmy molekularne leżące u podstaw transkrypcji chromatyny są słabo zbadane z uwagi na fakt, że najważniejsze dotąd badania prowadzone były na tzw. „nagim DNA”, nie zaś na chromatynie. Twórcy finansowanego ze środków UE projektu CHROMATRANS chcą wykonać kolejny krok w stronę dokładniejszego poznania mechanizmu transkrypcji i w związku z tym zbadają strukturalną podstawę transkrypcji polimerazy RNA II (Pol II) na matrycach chromatynowych. Głównym celem projektu jest określenie struktur czynników inicjujących związanych z nukleosomami, struktury kompleksu preinicjacyjnego Pol II na nukleosomie na początku transkrypcji, a także struktur kompleksów elongacji ssaczej polimerazy RNA II.
Cel
Transcription of protein-coding genes by RNA polymerase II (Pol II) governs cell identity and fate. We previously provided the structural basis of Pol II transcription initiation (ERC Advanced Grant TRANSIT: Sainsbury, Nature 2012; Lariviere, Nature 2012, Plaschka, Nature 2015) and of Pol II elongation regulation (ERC Advanced Grant TRANSREGULON: Vos, Nature 2018; Vos & Farnung, Nature 2018). These studies elucidated the mechanisms of transcription regulation. However, they were conducted on naked DNA, and not on chromatin, which is the natural template in cells and regulates transcription in many ways. As a consequence, the molecular mechanism underlying chromatin transcription and the regulatory interplay between chromatin and the transcription machinery remain poorly understood. Here I propose to take the next big step towards an understanding of the transcription mechanism and investigate the structural basis for Pol II transcription of chromatin templates. Integrated structural biology will provide structures of the transcription machinery on nucleosomal DNA. Nucleosomes are the building blocks of chromatin and regulate transcription in many ways. In particular, we will solve structures of pioneer factors bound to nucleosomes, to investigate how chromatin is opened locally for transcription (aim 1). We will solve the structure of the Pol II pre-initiation complex on the ‘+1’ nucleosome at the beginning of a gene, to understand how initiation is regulated by this specialized nucleosome (aim 2). Finally, we will determine structures of mammalian Pol II elongation complexes with many factors during nucleosome passage, to elucidate how Pol II transcribes chromatin (aim 3). Together with functional analysis in vitro and in vivo, these ground-breaking efforts will take the structural biology of transcription regulation to the chromatin level. The proposed research will also advance methods for the reconstitution and analysis of transient, higher-order complexes.
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-ADG - Advanced GrantInstytucja przyjmująca
80539 Munchen
Niemcy