Computational methods and modeling to decipher organelle nanophysiology

Información del proyecto

OrganellenanoComp

Identificador del acuerdo de subvención: 882673

DOI

10.3030/882673

Fecha de la firma de la CE 20 Octubre 2020

Fecha de inicio 1 Marzo 2021

Fecha de finalización 28 Febrero 2027

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 374 698,00

Aportación de la UE

€ 2 374 698,00

Coordinado por

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Publicaciones

Book chapters (1)

Analyzing Photoactivation with Diffusion Models to Study Transport in the Endoplasmic Reticulum Network

Autores: Matteo Dora, Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Publicado en: Methods in Molecular Biology, The Plant Endoplasmic Reticulum, 2024, Página(s) 407-432
Editor: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3710-4_31

Peer reviewed articles (9)

Diversity of dynamic voltage patterns in neuronal dendrites revealed by nanopipette electrophysiology

Autores: Jeffrey Mc Hugh, Stanislaw Makarchuk, Daria Mozheiko, Ana Fernandez-Villegas, Gabriele S. Kaminski Schierle, Clemens F. Kaminski, Ulrich F. Keyser, David Holcman, Nathalie Rouach
Publicado en: Nanoscale, Edición 15, 2024, Página(s) 12245-12254, ISSN 2040-3364
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr03475a

Computational methods and diffusion theory in triangulation sensing to model neuronal navigation

Autores: Ulrich Dobramysl, David Holcman
Publicado en: Reports on Progress in Physics, Edición 85, 2022, Página(s) 104601, ISSN 0034-4885
Editor: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6633/ac906b

Voltage mapping in subcellular nanodomains using electro-diffusion modeling

Autores: Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Publicado en: The Journal of Chemical Physics, Edición 161, 2024, ISSN 0021-9606
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0215900

Multi-feature clustering of CTCF binding creates robustness for loop extrusion blocking and Topologically Associating Domain boundaries

Autores: Li-Hsin Chang, Sourav Ghosh, Andrea Papale, Jennifer M. Luppino, Mélanie Miranda, Vincent Piras, Jéril Degrouard, Joanne Edouard, Mallory Poncelet, Nathan Lecouvreur, Sébastien Bloyer, Amélie Leforestier, Eric F. Joyce, David Holcman, Daan Noordermeer
Publicado en: Nature Communications, Edición 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41265-y

Chromatin phase separated nanoregions explored by polymer cross-linker models and reconstructed from single particle trajectories

Autores: Andrea Papale, David Holcman
Publicado en: PLOS Computational Biology, Edición 20, 2024, Página(s) e1011794, ISSN 1553-7358
Editor: plos CB
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011794

Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD

Autores: S. Basu, O. Shukron, D. Hall, P. Parutto, A. Ponjavic, D. Shah, W. Boucher, D. Lando, W. Zhang, N. Reynolds, L. H. Sober, A. Jartseva, R. Ragheb, X. Ma, J. Cramard, R. Floyd, J. Balmer, T. A. Drury, A. R. Carr, L.-M. Needham, A. Aubert, G. Communie, K. Gor, M. Steindel, L. Morey, E. Blanco, T. Bartke, L. Di Croce, I. Berger, C. Schaffitzel, S. F. Lee, T. J. Stevens, D. Klenerman, B. D. Hendrich, D
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 30, 2023, Página(s) 1628-1639, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01095-4

High-throughput super-resolution single-particle trajectory analysis reconstructs organelle dynamics and membrane reorganization

Autores: Pierre Parutto, Jennifer Heck, Meng Lu, Clemens Kaminski, Edward Avezov, Martin Heine, David Holcman
Publicado en: Cell Reports Methods, Edición 2, 2022, Página(s) 100277, ISSN 2667-2375
Editor: Cell
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100277

Synapsin 2a tetramerisation selectively controls the presynaptic nanoscale organisation of reserve synaptic vesicles

Autores: Shanley F. Longfield, Rachel S. Gormal, Matis Feller, Pierre Parutto, Jürgen Reingruber, Tristan P. Wallis, Merja Joensuu, George J. Augustine, Ramón Martínez-Mármol, David Holcman, Frédéric A. Meunier
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46256-1

Interactive nanocluster compaction of the ELKS scaffold and Cacophony Ca ²⁺ channels drives sustained active zone potentiation

Autores: Tina Ghelani, Marc Escher, Ulrich Thomas, Klara Esch, Janine Lützkendorf, Harald Depner, Marta Maglione, Pierre Parutto, Scott Gratz, Tanja Matkovic-Rachid, Stefanie Ryglewski, Alexander M. Walter, David Holcman, Kate O‘Connor Giles, Martin Heine, Stephan J. Sigrist
Publicado en: Science Advances, Edición 9, 2024, ISSN 2375-2548
Editor: Nature
DOI: 10.1126/sciadv.ade7804

Other (2)

Exit versus escape in a stochastic dynamical system of neuronal networks explains heterogenous bursting intervals

Autores: Zonca, Lou; Holcman, David
Publicado en: 2020, 2020
Editor: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2010.06699

Escape from an attractor generated by recurrent exit

Autores: Lou Zonca; Lou Zonca; David Holcman
Publicado en: 2020, 2021
Editor: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2009.06745