Computational methods and modeling to decipher organelle nanophysiology

Informacje na temat projektu

OrganellenanoComp

Identyfikator umowy o grant: 882673

DOI

10.3030/882673

Data podpisania przez KE 20 Października 2020

Data rozpoczęcia 1 Marca 2021

Data zakończenia 28 Lutego 2027

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 374 698,00

Wkład UE

€ 2 374 698,00

Koordynowany przez

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Book chapters (1)

Analyzing Photoactivation with Diffusion Models to Study Transport in the Endoplasmic Reticulum Network

Autorzy: Matteo Dora, Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Opublikowane w: Methods in Molecular Biology, The Plant Endoplasmic Reticulum, 2024, Strona(/y) 407-432
Wydawca: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3710-4_31

Peer reviewed articles (9)

Diversity of dynamic voltage patterns in neuronal dendrites revealed by nanopipette electrophysiology

Autorzy: Jeffrey Mc Hugh, Stanislaw Makarchuk, Daria Mozheiko, Ana Fernandez-Villegas, Gabriele S. Kaminski Schierle, Clemens F. Kaminski, Ulrich F. Keyser, David Holcman, Nathalie Rouach
Opublikowane w: Nanoscale, Numer 15, 2024, Strona(/y) 12245-12254, ISSN 2040-3364
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr03475a

Computational methods and diffusion theory in triangulation sensing to model neuronal navigation

Autorzy: Ulrich Dobramysl, David Holcman
Opublikowane w: Reports on Progress in Physics, Numer 85, 2022, Strona(/y) 104601, ISSN 0034-4885
Wydawca: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6633/ac906b

Voltage mapping in subcellular nanodomains using electro-diffusion modeling

Autorzy: Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 161, 2024, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0215900

Multi-feature clustering of CTCF binding creates robustness for loop extrusion blocking and Topologically Associating Domain boundaries

Autorzy: Li-Hsin Chang, Sourav Ghosh, Andrea Papale, Jennifer M. Luppino, Mélanie Miranda, Vincent Piras, Jéril Degrouard, Joanne Edouard, Mallory Poncelet, Nathan Lecouvreur, Sébastien Bloyer, Amélie Leforestier, Eric F. Joyce, David Holcman, Daan Noordermeer
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41265-y

Chromatin phase separated nanoregions explored by polymer cross-linker models and reconstructed from single particle trajectories

Autorzy: Andrea Papale, David Holcman
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 20, 2024, Strona(/y) e1011794, ISSN 1553-7358
Wydawca: plos CB
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011794

Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD

Autorzy: S. Basu, O. Shukron, D. Hall, P. Parutto, A. Ponjavic, D. Shah, W. Boucher, D. Lando, W. Zhang, N. Reynolds, L. H. Sober, A. Jartseva, R. Ragheb, X. Ma, J. Cramard, R. Floyd, J. Balmer, T. A. Drury, A. R. Carr, L.-M. Needham, A. Aubert, G. Communie, K. Gor, M. Steindel, L. Morey, E. Blanco, T. Bartke, L. Di Croce, I. Berger, C. Schaffitzel, S. F. Lee, T. J. Stevens, D. Klenerman, B. D. Hendrich, D
Opublikowane w: Nature Structural & Molecular Biology, Numer 30, 2023, Strona(/y) 1628-1639, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01095-4

High-throughput super-resolution single-particle trajectory analysis reconstructs organelle dynamics and membrane reorganization

Autorzy: Pierre Parutto, Jennifer Heck, Meng Lu, Clemens Kaminski, Edward Avezov, Martin Heine, David Holcman
Opublikowane w: Cell Reports Methods, Numer 2, 2022, Strona(/y) 100277, ISSN 2667-2375
Wydawca: Cell
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100277

Synapsin 2a tetramerisation selectively controls the presynaptic nanoscale organisation of reserve synaptic vesicles

Autorzy: Shanley F. Longfield, Rachel S. Gormal, Matis Feller, Pierre Parutto, Jürgen Reingruber, Tristan P. Wallis, Merja Joensuu, George J. Augustine, Ramón Martínez-Mármol, David Holcman, Frédéric A. Meunier
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46256-1

Interactive nanocluster compaction of the ELKS scaffold and Cacophony Ca ²⁺ channels drives sustained active zone potentiation

Autorzy: Tina Ghelani, Marc Escher, Ulrich Thomas, Klara Esch, Janine Lützkendorf, Harald Depner, Marta Maglione, Pierre Parutto, Scott Gratz, Tanja Matkovic-Rachid, Stefanie Ryglewski, Alexander M. Walter, David Holcman, Kate O‘Connor Giles, Martin Heine, Stephan J. Sigrist
Opublikowane w: Science Advances, Numer 9, 2024, ISSN 2375-2548
Wydawca: Nature
DOI: 10.1126/sciadv.ade7804

Other (2)

Exit versus escape in a stochastic dynamical system of neuronal networks explains heterogenous bursting intervals

Autorzy: Zonca, Lou; Holcman, David
Opublikowane w: 2020, 2020
Wydawca: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2010.06699

Escape from an attractor generated by recurrent exit

Autorzy: Lou Zonca; Lou Zonca; David Holcman
Opublikowane w: 2020, 2021
Wydawca: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2009.06745