Computational methods and modeling to decipher organelle nanophysiology

Projektinformationen

OrganellenanoComp

ID Finanzhilfevereinbarung: 882673

DOI

10.3030/882673

EK-Unterschriftsdatum 20 Oktober 2020

Startdatum 1 März 2021

Enddatum 28 Februar 2027

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 374 698,00

EU-Beitrag

€ 2 374 698,00

Koordiniert durch

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Veröffentlichungen

Book chapters (1)

Analyzing Photoactivation with Diffusion Models to Study Transport in the Endoplasmic Reticulum Network

Autoren: Matteo Dora, Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, The Plant Endoplasmic Reticulum, 2024, Seite(n) 407-432
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3710-4_31

Peer reviewed articles (9)

Diversity of dynamic voltage patterns in neuronal dendrites revealed by nanopipette electrophysiology

Autoren: Jeffrey Mc Hugh, Stanislaw Makarchuk, Daria Mozheiko, Ana Fernandez-Villegas, Gabriele S. Kaminski Schierle, Clemens F. Kaminski, Ulrich F. Keyser, David Holcman, Nathalie Rouach
Veröffentlicht in: Nanoscale, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 12245-12254, ISSN 2040-3364
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr03475a

Computational methods and diffusion theory in triangulation sensing to model neuronal navigation

Autoren: Ulrich Dobramysl, David Holcman
Veröffentlicht in: Reports on Progress in Physics, Ausgabe 85, 2022, Seite(n) 104601, ISSN 0034-4885
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6633/ac906b

Voltage mapping in subcellular nanodomains using electro-diffusion modeling

Autoren: Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 161, 2024, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0215900

Multi-feature clustering of CTCF binding creates robustness for loop extrusion blocking and Topologically Associating Domain boundaries

Autoren: Li-Hsin Chang, Sourav Ghosh, Andrea Papale, Jennifer M. Luppino, Mélanie Miranda, Vincent Piras, Jéril Degrouard, Joanne Edouard, Mallory Poncelet, Nathan Lecouvreur, Sébastien Bloyer, Amélie Leforestier, Eric F. Joyce, David Holcman, Daan Noordermeer
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41265-y

Chromatin phase separated nanoregions explored by polymer cross-linker models and reconstructed from single particle trajectories

Autoren: Andrea Papale, David Holcman
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1011794, ISSN 1553-7358
Herausgeber: plos CB
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011794

Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD

Autoren: S. Basu, O. Shukron, D. Hall, P. Parutto, A. Ponjavic, D. Shah, W. Boucher, D. Lando, W. Zhang, N. Reynolds, L. H. Sober, A. Jartseva, R. Ragheb, X. Ma, J. Cramard, R. Floyd, J. Balmer, T. A. Drury, A. R. Carr, L.-M. Needham, A. Aubert, G. Communie, K. Gor, M. Steindel, L. Morey, E. Blanco, T. Bartke, L. Di Croce, I. Berger, C. Schaffitzel, S. F. Lee, T. J. Stevens, D. Klenerman, B. D. Hendrich, D
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 30, 2023, Seite(n) 1628-1639, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01095-4

High-throughput super-resolution single-particle trajectory analysis reconstructs organelle dynamics and membrane reorganization

Autoren: Pierre Parutto, Jennifer Heck, Meng Lu, Clemens Kaminski, Edward Avezov, Martin Heine, David Holcman
Veröffentlicht in: Cell Reports Methods, Ausgabe 2, 2022, Seite(n) 100277, ISSN 2667-2375
Herausgeber: Cell
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100277

Synapsin 2a tetramerisation selectively controls the presynaptic nanoscale organisation of reserve synaptic vesicles

Autoren: Shanley F. Longfield, Rachel S. Gormal, Matis Feller, Pierre Parutto, Jürgen Reingruber, Tristan P. Wallis, Merja Joensuu, George J. Augustine, Ramón Martínez-Mármol, David Holcman, Frédéric A. Meunier
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46256-1

Interactive nanocluster compaction of the ELKS scaffold and Cacophony Ca ²⁺ channels drives sustained active zone potentiation

Autoren: Tina Ghelani, Marc Escher, Ulrich Thomas, Klara Esch, Janine Lützkendorf, Harald Depner, Marta Maglione, Pierre Parutto, Scott Gratz, Tanja Matkovic-Rachid, Stefanie Ryglewski, Alexander M. Walter, David Holcman, Kate O‘Connor Giles, Martin Heine, Stephan J. Sigrist
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 9, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1126/sciadv.ade7804

Other (2)

Exit versus escape in a stochastic dynamical system of neuronal networks explains heterogenous bursting intervals

Autoren: Zonca, Lou; Holcman, David
Veröffentlicht in: 2020, 2020
Herausgeber: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2010.06699

Escape from an attractor generated by recurrent exit

Autoren: Lou Zonca; Lou Zonca; David Holcman
Veröffentlicht in: 2020, 2021
Herausgeber: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2009.06745