Computational methods and modeling to decipher organelle nanophysiology

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Analyzing Photoactivation with Diffusion Models to Study Transport in the Endoplasmic Reticulum Network

Auteurs: Matteo Dora, Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Publié dans: Methods in Molecular Biology, The Plant Endoplasmic Reticulum, 2024, Page(s) 407-432
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3710-4_31

Diversity of dynamic voltage patterns in neuronal dendrites revealed by nanopipette electrophysiology

Auteurs: Jeffrey Mc Hugh, Stanislaw Makarchuk, Daria Mozheiko, Ana Fernandez-Villegas, Gabriele S. Kaminski Schierle, Clemens F. Kaminski, Ulrich F. Keyser, David Holcman, Nathalie Rouach
Publié dans: Nanoscale, Numéro 15, 2024, Page(s) 12245-12254, ISSN 2040-3364
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr03475a

Computational methods and diffusion theory in triangulation sensing to model neuronal navigation

Auteurs: Ulrich Dobramysl, David Holcman
Publié dans: Reports on Progress in Physics, Numéro 85, 2022, Page(s) 104601, ISSN 0034-4885
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6633/ac906b

Voltage mapping in subcellular nanodomains using electro-diffusion modeling

Auteurs: Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 161, 2024, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0215900

Multi-feature clustering of CTCF binding creates robustness for loop extrusion blocking and Topologically Associating Domain boundaries

Auteurs: Li-Hsin Chang, Sourav Ghosh, Andrea Papale, Jennifer M. Luppino, Mélanie Miranda, Vincent Piras, Jéril Degrouard, Joanne Edouard, Mallory Poncelet, Nathan Lecouvreur, Sébastien Bloyer, Amélie Leforestier, Eric F. Joyce, David Holcman, Daan Noordermeer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41265-y

Chromatin phase separated nanoregions explored by polymer cross-linker models and reconstructed from single particle trajectories

Auteurs: Andrea Papale, David Holcman
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) e1011794, ISSN 1553-7358
Éditeur: plos CB
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011794

Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD

Auteurs: S. Basu, O. Shukron, D. Hall, P. Parutto, A. Ponjavic, D. Shah, W. Boucher, D. Lando, W. Zhang, N. Reynolds, L. H. Sober, A. Jartseva, R. Ragheb, X. Ma, J. Cramard, R. Floyd, J. Balmer, T. A. Drury, A. R. Carr, L.-M. Needham, A. Aubert, G. Communie, K. Gor, M. Steindel, L. Morey, E. Blanco, T. Bartke, L. Di Croce, I. Berger, C. Schaffitzel, S. F. Lee, T. J. Stevens, D. Klenerman, B. D. Hendrich, D
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 30, 2023, Page(s) 1628-1639, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01095-4

High-throughput super-resolution single-particle trajectory analysis reconstructs organelle dynamics and membrane reorganization

Auteurs: Pierre Parutto, Jennifer Heck, Meng Lu, Clemens Kaminski, Edward Avezov, Martin Heine, David Holcman
Publié dans: Cell Reports Methods, Numéro 2, 2022, Page(s) 100277, ISSN 2667-2375
Éditeur: Cell
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100277

Synapsin 2a tetramerisation selectively controls the presynaptic nanoscale organisation of reserve synaptic vesicles

Auteurs: Shanley F. Longfield, Rachel S. Gormal, Matis Feller, Pierre Parutto, Jürgen Reingruber, Tristan P. Wallis, Merja Joensuu, George J. Augustine, Ramón Martínez-Mármol, David Holcman, Frédéric A. Meunier
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46256-1

Interactive nanocluster compaction of the ELKS scaffold and Cacophony Ca <sup>2+</sup> channels drives sustained active zone potentiation

Auteurs: Tina Ghelani, Marc Escher, Ulrich Thomas, Klara Esch, Janine Lützkendorf, Harald Depner, Marta Maglione, Pierre Parutto, Scott Gratz, Tanja Matkovic-Rachid, Stefanie Ryglewski, Alexander M. Walter, David Holcman, Kate O‘Connor Giles, Martin Heine, Stephan J. Sigrist
Publié dans: Science Advances, Numéro 9, 2024, ISSN 2375-2548
Éditeur: Nature
DOI: 10.1126/sciadv.ade7804

Exit versus escape in a stochastic dynamical system of neuronal networks explains heterogenous bursting intervals

Auteurs: Zonca, Lou; Holcman, David
Publié dans: 2020, 2020
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2010.06699

Escape from an attractor generated by recurrent exit

Auteurs: Lou Zonca; Lou Zonca; David Holcman
Publié dans: 2020, 2021
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2009.06745

Recherche de données OpenAIRE...

Publications

Partager cette page Partager cette page sur les réseaux sociaux

Télécharger Télécharger le contenu de la page