Computational methods and modeling to decipher organelle nanophysiology

Informazioni relative al progetto

OrganellenanoComp

ID dell’accordo di sovvenzione: 882673

DOI

10.3030/882673

Data della firma CE 20 Ottobre 2020

Data di avvio 1 Marzo 2021

Data di completamento 28 Febbraio 2027

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 374 698,00

Contributo UE

€ 2 374 698,00

Coordinato da

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Book chapters (1)

Analyzing Photoactivation with Diffusion Models to Study Transport in the Endoplasmic Reticulum Network

Autori: Matteo Dora, Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Pubblicato in: Methods in Molecular Biology, The Plant Endoplasmic Reticulum, 2024, Pagina/e 407-432
Editore: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3710-4_31

Peer reviewed articles (9)

Diversity of dynamic voltage patterns in neuronal dendrites revealed by nanopipette electrophysiology

Autori: Jeffrey Mc Hugh, Stanislaw Makarchuk, Daria Mozheiko, Ana Fernandez-Villegas, Gabriele S. Kaminski Schierle, Clemens F. Kaminski, Ulrich F. Keyser, David Holcman, Nathalie Rouach
Pubblicato in: Nanoscale, Numero 15, 2024, Pagina/e 12245-12254, ISSN 2040-3364
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr03475a

Computational methods and diffusion theory in triangulation sensing to model neuronal navigation

Autori: Ulrich Dobramysl, David Holcman
Pubblicato in: Reports on Progress in Physics, Numero 85, 2022, Pagina/e 104601, ISSN 0034-4885
Editore: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6633/ac906b

Voltage mapping in subcellular nanodomains using electro-diffusion modeling

Autori: Frédéric Paquin-Lefebvre, David Holcman
Pubblicato in: The Journal of Chemical Physics, Numero 161, 2024, ISSN 0021-9606
Editore: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0215900

Multi-feature clustering of CTCF binding creates robustness for loop extrusion blocking and Topologically Associating Domain boundaries

Autori: Li-Hsin Chang, Sourav Ghosh, Andrea Papale, Jennifer M. Luppino, Mélanie Miranda, Vincent Piras, Jéril Degrouard, Joanne Edouard, Mallory Poncelet, Nathan Lecouvreur, Sébastien Bloyer, Amélie Leforestier, Eric F. Joyce, David Holcman, Daan Noordermeer
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41265-y

Chromatin phase separated nanoregions explored by polymer cross-linker models and reconstructed from single particle trajectories

Autori: Andrea Papale, David Holcman
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 20, 2024, Pagina/e e1011794, ISSN 1553-7358
Editore: plos CB
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011794

Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD

Autori: S. Basu, O. Shukron, D. Hall, P. Parutto, A. Ponjavic, D. Shah, W. Boucher, D. Lando, W. Zhang, N. Reynolds, L. H. Sober, A. Jartseva, R. Ragheb, X. Ma, J. Cramard, R. Floyd, J. Balmer, T. A. Drury, A. R. Carr, L.-M. Needham, A. Aubert, G. Communie, K. Gor, M. Steindel, L. Morey, E. Blanco, T. Bartke, L. Di Croce, I. Berger, C. Schaffitzel, S. F. Lee, T. J. Stevens, D. Klenerman, B. D. Hendrich, D
Pubblicato in: Nature Structural & Molecular Biology, Numero 30, 2023, Pagina/e 1628-1639, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01095-4

High-throughput super-resolution single-particle trajectory analysis reconstructs organelle dynamics and membrane reorganization

Autori: Pierre Parutto, Jennifer Heck, Meng Lu, Clemens Kaminski, Edward Avezov, Martin Heine, David Holcman
Pubblicato in: Cell Reports Methods, Numero 2, 2022, Pagina/e 100277, ISSN 2667-2375
Editore: Cell
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100277

Synapsin 2a tetramerisation selectively controls the presynaptic nanoscale organisation of reserve synaptic vesicles

Autori: Shanley F. Longfield, Rachel S. Gormal, Matis Feller, Pierre Parutto, Jürgen Reingruber, Tristan P. Wallis, Merja Joensuu, George J. Augustine, Ramón Martínez-Mármol, David Holcman, Frédéric A. Meunier
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46256-1

Interactive nanocluster compaction of the ELKS scaffold and Cacophony Ca ²⁺ channels drives sustained active zone potentiation

Autori: Tina Ghelani, Marc Escher, Ulrich Thomas, Klara Esch, Janine Lützkendorf, Harald Depner, Marta Maglione, Pierre Parutto, Scott Gratz, Tanja Matkovic-Rachid, Stefanie Ryglewski, Alexander M. Walter, David Holcman, Kate O‘Connor Giles, Martin Heine, Stephan J. Sigrist
Pubblicato in: Science Advances, Numero 9, 2024, ISSN 2375-2548
Editore: Nature
DOI: 10.1126/sciadv.ade7804

Other (2)

Exit versus escape in a stochastic dynamical system of neuronal networks explains heterogenous bursting intervals

Autori: Zonca, Lou; Holcman, David
Pubblicato in: 2020, 2020
Editore: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2010.06699

Escape from an attractor generated by recurrent exit

Autori: Lou Zonca; Lou Zonca; David Holcman
Pubblicato in: 2020, 2021
Editore: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2009.06745