Identification of molecular targets of psychoactive kavalactones using iBodies

Información del proyecto

KavaTarget

Identificador del acuerdo de subvención: 891397

DOI

10.3030/891397

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 9 Abril 2020

Fecha de inicio 1 Enero 2021

Fecha de finalización 30 Diciembre 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coste total

€ 156 980,64

Aportación de la UE

€ 156 980,64

Coordinado por

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

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Publicaciones

Peer reviewed articles (8)

POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology

Autores: Téo Hebra, Helena Smrčková, Büsra Elkatmis, Martin Převorovský, Tomáš Pluskal
Publicado en: ACS Synthetic Biology, Edición 13, 2024, Página(s) 558-567, ISSN 2161-5063
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00529

Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3

Autores: Tito Damiani, Steffen Heuckeroth, Aleksandr Smirnov, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Ansgar Korf, Joshua Smith, Paolo Stincone, Nicola Dreolin, Louis-Félix Nothias, Tuulia Hyötyläinen, Matej Orešič, Uwe Karst, Pieter Dorrestein, Daniel Petras, Xiuxia Du, Justin van der Hooft, Robin Schmid, Tomáš Pluskal
Publicado en: Nature Protocols, Edición 19, 2024, Página(s) 2597–2641, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-98n6q-v2

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

Autores: Robin Schmid, Steffen Heuckeroth, Ansgar Korf, Aleksandr Smirnov, Owen Myers, Thomas S. Dyrlund, Roman Bushuiev, Kevin J. Murray, Nils Hoffmann, Miaoshan Lu, Abinesh Sarvepalli, Zheng Zhang, Markus Fleischauer, Kai Dührkop, Mark Wesner, Shawn J. Hoogstra, Edward Rudt, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Kirill Ponomarov, Lana Mutabdžija, Tito Damiani, Chris J. Pudney, Mark Earll, Patrick O. Helmer,
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición 41, 2024, Página(s) 447-449, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01690-2

Emergence of molecular structures from repository-scale self-supervised learning on tandem mass spectra

Autores: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Corinna Brungs, Josef Sivic, Tomáš Pluskal
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición in press, 2024, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-kss3r-v2

Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data

Autores: Abzer K. Pakkir Shah, Axel Walter, Filip Ottosson, Francesco Russo, Marcelo Navarro-Diaz, Judith Boldt, Jarmo-Charles J. Kalinski, Eftychia Eva Kontou, James Elofson, Alexandros Polyzois, Carolina González-Marín, Shane Farrell, Marie R. Aggerbeck, Thapanee Pruksatrakul, Nathan Chan, Yunshu Wang, Magdalena Pöchhacker, Corinna Brungs, Beatriz Cámara, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Andres
Publicado en: Nature Protocols, Edición 20, 2025, Página(s) 92-162, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-024-01046-3

transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation

Autores: Timothy R. Fallon, Tereza Čalounová, Martin Mokrejš, Jing-Ke Weng, Tomáš Pluskal
Publicado en: BMC Bioinformatics, Edición 24, 2023, ISSN 1471-2105
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05254-8

Machine Learning-Guided Protein Engineering

Autores: Petr Kouba, Pavel Kohout, Faraneh Haddadi, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Jiri Sedlar, Jiri Damborsky, Tomas Pluskal, Josef Sivic, Stanislav Mazurenko
Publicado en: ACS Catalysis, Edición 13, 2024, Página(s) 13863-13895, ISSN 2155-5435
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c02743

Computational metabolomics reveals overlooked chemodiversity of alkaloid scaffolds in Piper fimbriulatum

Autores: Tito Damiani, Joshua Smith, Téo Hebra, Milana Perković, Marijo Čičak, Alžběta Kadlecová, Vlastimil Rybka, Martin Dračínský, Tomáš Pluskal
Publicado en: The Plant Journal, Edición in press, 2025, ISSN 0960-7412
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70086

Conference proceedings (3)

Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

Autores: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Petr Kouba, Anatolii Filkin, Marketa Gabrielova, Michal Gabriel, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Publicado en: International Conference on Learning Representations (ICLR), Edición 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Editor: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2310.18515

Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

Autores: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Publicado en: International Conference on Learning Representations (ICLR), GEM Workshop, Edición 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Editor: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2404.10457

MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules

Autores: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Niek de Jonge, Adamo Young, Fleming Kretschmer, Raman Samusevich, Janne Heirman, Fei Wang, Luke Zhang, Kai Dührkop, Marcus Ludwig, Nils Haupt, Apurva Kalia, Corinna Brungs, Robin Schmid, Russell Greiner, Bo Wang, David Wishart, Liping Liu, Juho Rousu, Wout Bittremieux, Hannes Rost, Tytus Mak, Soha Hassoun, Florian Huber, Justin J.J. van der Hooft, Michael Stravs, S
Publicado en: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Edición 37, 2024, ISBN 978-3-319-45173-2
Editor: NeurIPS
DOI: 10.48550/arxiv.2410.23326

Book chapters (1)

Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies

Autores: Lana Mutabdžija, Akhona Myoli, Niek F. de Jonge, Tito Damiani, Robin Schmid, Justin J. J. van der Hooft, Fidele Tugizimana, Tomáš Pluskal
Publicado en: Methods in Molecular Biology, Plant Functional Genomics, 2025, Página(s) 97-136, ISBN 978-1-0716-3781-4
Editor: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3782-1_7