Identification of molecular targets of psychoactive kavalactones using iBodies

Informazioni relative al progetto

KavaTarget

ID dell’accordo di sovvenzione: 891397

DOI

10.3030/891397

Progetto chiuso

Data della firma CE 9 Aprile 2020

Data di avvio 1 Gennaio 2021

Data di completamento 30 Dicembre 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Costo totale

€ 156 980,64

Contributo UE

€ 156 980,64

Coordinato da

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (8)

POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology

Autori: Téo Hebra, Helena Smrčková, Büsra Elkatmis, Martin Převorovský, Tomáš Pluskal
Pubblicato in: ACS Synthetic Biology, Numero 13, 2024, Pagina/e 558-567, ISSN 2161-5063
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00529

Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3

Autori: Tito Damiani, Steffen Heuckeroth, Aleksandr Smirnov, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Ansgar Korf, Joshua Smith, Paolo Stincone, Nicola Dreolin, Louis-Félix Nothias, Tuulia Hyötyläinen, Matej Orešič, Uwe Karst, Pieter Dorrestein, Daniel Petras, Xiuxia Du, Justin van der Hooft, Robin Schmid, Tomáš Pluskal
Pubblicato in: Nature Protocols, Numero 19, 2024, Pagina/e 2597–2641, ISSN 1754-2189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-98n6q-v2

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

Autori: Robin Schmid, Steffen Heuckeroth, Ansgar Korf, Aleksandr Smirnov, Owen Myers, Thomas S. Dyrlund, Roman Bushuiev, Kevin J. Murray, Nils Hoffmann, Miaoshan Lu, Abinesh Sarvepalli, Zheng Zhang, Markus Fleischauer, Kai Dührkop, Mark Wesner, Shawn J. Hoogstra, Edward Rudt, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Kirill Ponomarov, Lana Mutabdžija, Tito Damiani, Chris J. Pudney, Mark Earll, Patrick O. Helmer,
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 41, 2024, Pagina/e 447-449, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01690-2

Emergence of molecular structures from repository-scale self-supervised learning on tandem mass spectra

Autori: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Corinna Brungs, Josef Sivic, Tomáš Pluskal
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero in press, 2024, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-kss3r-v2

Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data

Autori: Abzer K. Pakkir Shah, Axel Walter, Filip Ottosson, Francesco Russo, Marcelo Navarro-Diaz, Judith Boldt, Jarmo-Charles J. Kalinski, Eftychia Eva Kontou, James Elofson, Alexandros Polyzois, Carolina González-Marín, Shane Farrell, Marie R. Aggerbeck, Thapanee Pruksatrakul, Nathan Chan, Yunshu Wang, Magdalena Pöchhacker, Corinna Brungs, Beatriz Cámara, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Andres
Pubblicato in: Nature Protocols, Numero 20, 2025, Pagina/e 92-162, ISSN 1754-2189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-024-01046-3

transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation

Autori: Timothy R. Fallon, Tereza Čalounová, Martin Mokrejš, Jing-Ke Weng, Tomáš Pluskal
Pubblicato in: BMC Bioinformatics, Numero 24, 2023, ISSN 1471-2105
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05254-8

Machine Learning-Guided Protein Engineering

Autori: Petr Kouba, Pavel Kohout, Faraneh Haddadi, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Jiri Sedlar, Jiri Damborsky, Tomas Pluskal, Josef Sivic, Stanislav Mazurenko
Pubblicato in: ACS Catalysis, Numero 13, 2024, Pagina/e 13863-13895, ISSN 2155-5435
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c02743

Computational metabolomics reveals overlooked chemodiversity of alkaloid scaffolds in Piper fimbriulatum

Autori: Tito Damiani, Joshua Smith, Téo Hebra, Milana Perković, Marijo Čičak, Alžběta Kadlecová, Vlastimil Rybka, Martin Dračínský, Tomáš Pluskal
Pubblicato in: The Plant Journal, Numero in press, 2025, ISSN 0960-7412
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70086

Conference proceedings (3)

Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

Autori: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Petr Kouba, Anatolii Filkin, Marketa Gabrielova, Michal Gabriel, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Pubblicato in: International Conference on Learning Representations (ICLR), Numero 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Editore: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2310.18515

Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

Autori: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Pubblicato in: International Conference on Learning Representations (ICLR), GEM Workshop, Numero 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Editore: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2404.10457

MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules

Autori: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Niek de Jonge, Adamo Young, Fleming Kretschmer, Raman Samusevich, Janne Heirman, Fei Wang, Luke Zhang, Kai Dührkop, Marcus Ludwig, Nils Haupt, Apurva Kalia, Corinna Brungs, Robin Schmid, Russell Greiner, Bo Wang, David Wishart, Liping Liu, Juho Rousu, Wout Bittremieux, Hannes Rost, Tytus Mak, Soha Hassoun, Florian Huber, Justin J.J. van der Hooft, Michael Stravs, S
Pubblicato in: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Numero 37, 2024, ISBN 978-3-319-45173-2
Editore: NeurIPS
DOI: 10.48550/arxiv.2410.23326

Book chapters (1)

Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies

Autori: Lana Mutabdžija, Akhona Myoli, Niek F. de Jonge, Tito Damiani, Robin Schmid, Justin J. J. van der Hooft, Fidele Tugizimana, Tomáš Pluskal
Pubblicato in: Methods in Molecular Biology, Plant Functional Genomics, 2025, Pagina/e 97-136, ISBN 978-1-0716-3781-4
Editore: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3782-1_7