Identification of molecular targets of psychoactive kavalactones using iBodies

Informations projet

KavaTarget

N° de convention de subvention: 891397

DOI

10.3030/891397

Projet clôturé

Date de signature de la CE 9 Avril 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 30 Decembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 156 980,64

Contribution de l’UE

€ 156 980,64

Coordonné par

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (8)

POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology

Auteurs: Téo Hebra, Helena Smrčková, Büsra Elkatmis, Martin Převorovský, Tomáš Pluskal
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 13, 2024, Page(s) 558-567, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00529

Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3

Auteurs: Tito Damiani, Steffen Heuckeroth, Aleksandr Smirnov, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Ansgar Korf, Joshua Smith, Paolo Stincone, Nicola Dreolin, Louis-Félix Nothias, Tuulia Hyötyläinen, Matej Orešič, Uwe Karst, Pieter Dorrestein, Daniel Petras, Xiuxia Du, Justin van der Hooft, Robin Schmid, Tomáš Pluskal
Publié dans: Nature Protocols, Numéro 19, 2024, Page(s) 2597–2641, ISSN 1754-2189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-98n6q-v2

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

Auteurs: Robin Schmid, Steffen Heuckeroth, Ansgar Korf, Aleksandr Smirnov, Owen Myers, Thomas S. Dyrlund, Roman Bushuiev, Kevin J. Murray, Nils Hoffmann, Miaoshan Lu, Abinesh Sarvepalli, Zheng Zhang, Markus Fleischauer, Kai Dührkop, Mark Wesner, Shawn J. Hoogstra, Edward Rudt, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Kirill Ponomarov, Lana Mutabdžija, Tito Damiani, Chris J. Pudney, Mark Earll, Patrick O. Helmer,
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 41, 2024, Page(s) 447-449, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01690-2

Emergence of molecular structures from repository-scale self-supervised learning on tandem mass spectra

Auteurs: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Corinna Brungs, Josef Sivic, Tomáš Pluskal
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro in press, 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-kss3r-v2

Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data

Auteurs: Abzer K. Pakkir Shah, Axel Walter, Filip Ottosson, Francesco Russo, Marcelo Navarro-Diaz, Judith Boldt, Jarmo-Charles J. Kalinski, Eftychia Eva Kontou, James Elofson, Alexandros Polyzois, Carolina González-Marín, Shane Farrell, Marie R. Aggerbeck, Thapanee Pruksatrakul, Nathan Chan, Yunshu Wang, Magdalena Pöchhacker, Corinna Brungs, Beatriz Cámara, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Andres
Publié dans: Nature Protocols, Numéro 20, 2025, Page(s) 92-162, ISSN 1754-2189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-024-01046-3

transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation

Auteurs: Timothy R. Fallon, Tereza Čalounová, Martin Mokrejš, Jing-Ke Weng, Tomáš Pluskal
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 24, 2023, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05254-8

Machine Learning-Guided Protein Engineering

Auteurs: Petr Kouba, Pavel Kohout, Faraneh Haddadi, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Jiri Sedlar, Jiri Damborsky, Tomas Pluskal, Josef Sivic, Stanislav Mazurenko
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 13, 2024, Page(s) 13863-13895, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c02743

Computational metabolomics reveals overlooked chemodiversity of alkaloid scaffolds in Piper fimbriulatum

Auteurs: Tito Damiani, Joshua Smith, Téo Hebra, Milana Perković, Marijo Čičak, Alžběta Kadlecová, Vlastimil Rybka, Martin Dračínský, Tomáš Pluskal
Publié dans: The Plant Journal, Numéro in press, 2025, ISSN 0960-7412
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70086

Conference proceedings (3)

Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

Auteurs: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Petr Kouba, Anatolii Filkin, Marketa Gabrielova, Michal Gabriel, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Publié dans: International Conference on Learning Representations (ICLR), Numéro 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Éditeur: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2310.18515

Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

Auteurs: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Publié dans: International Conference on Learning Representations (ICLR), GEM Workshop, Numéro 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Éditeur: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2404.10457

MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules

Auteurs: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Niek de Jonge, Adamo Young, Fleming Kretschmer, Raman Samusevich, Janne Heirman, Fei Wang, Luke Zhang, Kai Dührkop, Marcus Ludwig, Nils Haupt, Apurva Kalia, Corinna Brungs, Robin Schmid, Russell Greiner, Bo Wang, David Wishart, Liping Liu, Juho Rousu, Wout Bittremieux, Hannes Rost, Tytus Mak, Soha Hassoun, Florian Huber, Justin J.J. van der Hooft, Michael Stravs, S
Publié dans: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Numéro 37, 2024, ISBN 978-3-319-45173-2
Éditeur: NeurIPS
DOI: 10.48550/arxiv.2410.23326

Book chapters (1)

Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies

Auteurs: Lana Mutabdžija, Akhona Myoli, Niek F. de Jonge, Tito Damiani, Robin Schmid, Justin J. J. van der Hooft, Fidele Tugizimana, Tomáš Pluskal
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Plant Functional Genomics, 2025, Page(s) 97-136, ISBN 978-1-0716-3781-4
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3782-1_7