Identification of molecular targets of psychoactive kavalactones using iBodies

Informacje na temat projektu

KavaTarget

Identyfikator umowy o grant: 891397

DOI

10.3030/891397

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 9 Kwietnia 2020

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2021

Data zakończenia 30 Grudnia 2024

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Koszt całkowity

€ 156 980,64

Wkład UE

€ 156 980,64

Koordynowany przez

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (8)

POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology

Autorzy: Téo Hebra, Helena Smrčková, Büsra Elkatmis, Martin Převorovský, Tomáš Pluskal
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, Numer 13, 2024, Strona(/y) 558-567, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00529

Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3

Autorzy: Tito Damiani, Steffen Heuckeroth, Aleksandr Smirnov, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Ansgar Korf, Joshua Smith, Paolo Stincone, Nicola Dreolin, Louis-Félix Nothias, Tuulia Hyötyläinen, Matej Orešič, Uwe Karst, Pieter Dorrestein, Daniel Petras, Xiuxia Du, Justin van der Hooft, Robin Schmid, Tomáš Pluskal
Opublikowane w: Nature Protocols, Numer 19, 2024, Strona(/y) 2597–2641, ISSN 1754-2189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-98n6q-v2

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

Autorzy: Robin Schmid, Steffen Heuckeroth, Ansgar Korf, Aleksandr Smirnov, Owen Myers, Thomas S. Dyrlund, Roman Bushuiev, Kevin J. Murray, Nils Hoffmann, Miaoshan Lu, Abinesh Sarvepalli, Zheng Zhang, Markus Fleischauer, Kai Dührkop, Mark Wesner, Shawn J. Hoogstra, Edward Rudt, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Kirill Ponomarov, Lana Mutabdžija, Tito Damiani, Chris J. Pudney, Mark Earll, Patrick O. Helmer,
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer 41, 2024, Strona(/y) 447-449, ISSN 1087-0156
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01690-2

Emergence of molecular structures from repository-scale self-supervised learning on tandem mass spectra

Autorzy: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Corinna Brungs, Josef Sivic, Tomáš Pluskal
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer in press, 2024, ISSN 1087-0156
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-kss3r-v2

Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data

Autorzy: Abzer K. Pakkir Shah, Axel Walter, Filip Ottosson, Francesco Russo, Marcelo Navarro-Diaz, Judith Boldt, Jarmo-Charles J. Kalinski, Eftychia Eva Kontou, James Elofson, Alexandros Polyzois, Carolina González-Marín, Shane Farrell, Marie R. Aggerbeck, Thapanee Pruksatrakul, Nathan Chan, Yunshu Wang, Magdalena Pöchhacker, Corinna Brungs, Beatriz Cámara, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Andres
Opublikowane w: Nature Protocols, Numer 20, 2025, Strona(/y) 92-162, ISSN 1754-2189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-024-01046-3

transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation

Autorzy: Timothy R. Fallon, Tereza Čalounová, Martin Mokrejš, Jing-Ke Weng, Tomáš Pluskal
Opublikowane w: BMC Bioinformatics, Numer 24, 2023, ISSN 1471-2105
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05254-8

Machine Learning-Guided Protein Engineering

Autorzy: Petr Kouba, Pavel Kohout, Faraneh Haddadi, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Jiri Sedlar, Jiri Damborsky, Tomas Pluskal, Josef Sivic, Stanislav Mazurenko
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 13, 2024, Strona(/y) 13863-13895, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c02743

Computational metabolomics reveals overlooked chemodiversity of alkaloid scaffolds in Piper fimbriulatum

Autorzy: Tito Damiani, Joshua Smith, Téo Hebra, Milana Perković, Marijo Čičak, Alžběta Kadlecová, Vlastimil Rybka, Martin Dračínský, Tomáš Pluskal
Opublikowane w: The Plant Journal, Numer in press, 2025, ISSN 0960-7412
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70086

Conference proceedings (3)

Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

Autorzy: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Petr Kouba, Anatolii Filkin, Marketa Gabrielova, Michal Gabriel, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Opublikowane w: International Conference on Learning Representations (ICLR), Numer 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Wydawca: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2310.18515

Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

Autorzy: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Opublikowane w: International Conference on Learning Representations (ICLR), GEM Workshop, Numer 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Wydawca: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2404.10457

MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules

Autorzy: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Niek de Jonge, Adamo Young, Fleming Kretschmer, Raman Samusevich, Janne Heirman, Fei Wang, Luke Zhang, Kai Dührkop, Marcus Ludwig, Nils Haupt, Apurva Kalia, Corinna Brungs, Robin Schmid, Russell Greiner, Bo Wang, David Wishart, Liping Liu, Juho Rousu, Wout Bittremieux, Hannes Rost, Tytus Mak, Soha Hassoun, Florian Huber, Justin J.J. van der Hooft, Michael Stravs, S
Opublikowane w: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Numer 37, 2024, ISBN 978-3-319-45173-2
Wydawca: NeurIPS
DOI: 10.48550/arxiv.2410.23326

Book chapters (1)

Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies

Autorzy: Lana Mutabdžija, Akhona Myoli, Niek F. de Jonge, Tito Damiani, Robin Schmid, Justin J. J. van der Hooft, Fidele Tugizimana, Tomáš Pluskal
Opublikowane w: Methods in Molecular Biology, Plant Functional Genomics, 2025, Strona(/y) 97-136, ISBN 978-1-0716-3781-4
Wydawca: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3782-1_7