Identification of molecular targets of psychoactive kavalactones using iBodies

Projektinformationen

KavaTarget

ID Finanzhilfevereinbarung: 891397

DOI

10.3030/891397

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 9 April 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 30 Dezember 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 156 980,64

EU-Beitrag

€ 156 980,64

Koordiniert durch

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology

Autoren: Téo Hebra, Helena Smrčková, Büsra Elkatmis, Martin Převorovský, Tomáš Pluskal
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 13, 2024, Seite(n) 558-567, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00529

Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3

Autoren: Tito Damiani, Steffen Heuckeroth, Aleksandr Smirnov, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Ansgar Korf, Joshua Smith, Paolo Stincone, Nicola Dreolin, Louis-Félix Nothias, Tuulia Hyötyläinen, Matej Orešič, Uwe Karst, Pieter Dorrestein, Daniel Petras, Xiuxia Du, Justin van der Hooft, Robin Schmid, Tomáš Pluskal
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) 2597–2641, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-98n6q-v2

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

Autoren: Robin Schmid, Steffen Heuckeroth, Ansgar Korf, Aleksandr Smirnov, Owen Myers, Thomas S. Dyrlund, Roman Bushuiev, Kevin J. Murray, Nils Hoffmann, Miaoshan Lu, Abinesh Sarvepalli, Zheng Zhang, Markus Fleischauer, Kai Dührkop, Mark Wesner, Shawn J. Hoogstra, Edward Rudt, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Kirill Ponomarov, Lana Mutabdžija, Tito Damiani, Chris J. Pudney, Mark Earll, Patrick O. Helmer,
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 41, 2024, Seite(n) 447-449, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01690-2

Emergence of molecular structures from repository-scale self-supervised learning on tandem mass spectra

Autoren: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Corinna Brungs, Josef Sivic, Tomáš Pluskal
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe in press, 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-kss3r-v2

Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data

Autoren: Abzer K. Pakkir Shah, Axel Walter, Filip Ottosson, Francesco Russo, Marcelo Navarro-Diaz, Judith Boldt, Jarmo-Charles J. Kalinski, Eftychia Eva Kontou, James Elofson, Alexandros Polyzois, Carolina González-Marín, Shane Farrell, Marie R. Aggerbeck, Thapanee Pruksatrakul, Nathan Chan, Yunshu Wang, Magdalena Pöchhacker, Corinna Brungs, Beatriz Cámara, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Andres
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 20, 2025, Seite(n) 92-162, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-024-01046-3

transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation

Autoren: Timothy R. Fallon, Tereza Čalounová, Martin Mokrejš, Jing-Ke Weng, Tomáš Pluskal
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05254-8

Machine Learning-Guided Protein Engineering

Autoren: Petr Kouba, Pavel Kohout, Faraneh Haddadi, Anton Bushuiev, Raman Samusevich, Jiri Sedlar, Jiri Damborsky, Tomas Pluskal, Josef Sivic, Stanislav Mazurenko
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 13, 2024, Seite(n) 13863-13895, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c02743

Computational metabolomics reveals overlooked chemodiversity of alkaloid scaffolds in Piper fimbriulatum

Autoren: Tito Damiani, Joshua Smith, Téo Hebra, Milana Perković, Marijo Čičak, Alžběta Kadlecová, Vlastimil Rybka, Martin Dračínský, Tomáš Pluskal
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe in press, 2025, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70086

Conference proceedings (3)

Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

Autoren: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Petr Kouba, Anatolii Filkin, Marketa Gabrielova, Michal Gabriel, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Veröffentlicht in: International Conference on Learning Representations (ICLR), Ausgabe 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Herausgeber: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2310.18515

Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

Autoren: Anton Bushuiev, Roman Bushuiev, Jiri Sedlar, Tomas Pluskal, Jiri Damborsky, Stanislav Mazurenko, Josef Sivic
Veröffentlicht in: International Conference on Learning Representations (ICLR), GEM Workshop, Ausgabe 2024, 2024, ISBN 9781713898658
Herausgeber: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.48550/arxiv.2404.10457

MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules

Autoren: Roman Bushuiev, Anton Bushuiev, Niek de Jonge, Adamo Young, Fleming Kretschmer, Raman Samusevich, Janne Heirman, Fei Wang, Luke Zhang, Kai Dührkop, Marcus Ludwig, Nils Haupt, Apurva Kalia, Corinna Brungs, Robin Schmid, Russell Greiner, Bo Wang, David Wishart, Liping Liu, Juho Rousu, Wout Bittremieux, Hannes Rost, Tytus Mak, Soha Hassoun, Florian Huber, Justin J.J. van der Hooft, Michael Stravs, S
Veröffentlicht in: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Ausgabe 37, 2024, ISBN 978-3-319-45173-2
Herausgeber: NeurIPS
DOI: 10.48550/arxiv.2410.23326

Book chapters (1)

Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies

Autoren: Lana Mutabdžija, Akhona Myoli, Niek F. de Jonge, Tito Damiani, Robin Schmid, Justin J. J. van der Hooft, Fidele Tugizimana, Tomáš Pluskal
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Plant Functional Genomics, 2025, Seite(n) 97-136, ISBN 978-1-0716-3781-4
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3782-1_7