Projektbeschreibung
Kernspinresonanzspektroskopie großer Proteinkomplexe
Die Kernspinresonanzspektroskopie erkennt die Proteindynamik in Lösung innerhalb verschiedener Zeiträume und unter atomarer Auflösung. Die Kernspinresonanzspektroskopie von großen Proteinen bleibt jedoch eine Herausforderung, da sich herkömmliche Verfahren auf kleine Proteine beschränken. Im Rahmen des EU-finanzierten Projekts NMRofLargeComplexes sollen diese Grenzen überwunden und die Kernspinresonanzspektroskopie auf große Proteinkomplexe ausgeweitet werden. Dazu werden jüngste Entwicklungen bei der ortsspezifischen Markierung mit neuartigen Methoden und Spektrometern kombiniert. Diese Entwicklung wird eine Studie zu funktionell wichtigen Dynamiken und Substrat-Wechselwirkungen großer Proteinkomplexe ermöglichen und Einblick in den Zusammenhang zwischen Dynamik, Struktur und Funktion gewähren. Aktuelle Studien werden sich auf das eukaryotische Exosom, einen löslichen, asymmetrischen Dekamer von 370 kDa, und den NapA Na+/H+-Antiporter von 80 kDa konzentrieren – ein integrales Membrandimer, das am Ionentransport beteiligt ist.
Ziel
Dynamic properties of proteins are essential for their function. NMR can reveal protein dynamics in solution on a broad range of timescales and at atomic resolution. However, NMR studies of large proteins remain challenging since conventional NMR methods are constrained to small proteins. The aim of this project is to extend the NMR size limit to large protein complexes by combining recent developments in site-specific labeling schemes with novel NMR methods employing state-of-the-art spectrometers. This will facilitate the study of functionally essential but so far uncharacterized dynamics and substrate interactions of two large protein complexes, providing unprecedented insight into the relationship between dynamics, structure and function. Since most proteins are dynamic, extending the scope of protein complexes that are amenable to NMR study is of great interest to many areas of molecular biology. Studies will be conducted on the eukaryotic exosome, a 370 kDa soluble, asymmetric decamer involved in RNA degradation and processing, and the 80 kDa Na+/H+ antiporter NapA, an integral membrane dimer involved in ion transport. For the exosome, individual subunits will be 13C-methyl labeled; the employment of sophisticated NMR methods will then permit the detection of functionally essential dynamics and RNA-substrate binding patterns of the exosome. As NapA is a low-yield membrane protein, an inexpensive 19F-labeling approach will be employed to reveal global transport dynamics and local gating motions. Exosome production and all NMR experiments are to be conducted in Remco Spranger’s lab at the University of Regensburg, Germany. NapA will be produced during a secondment in David Drew’s lab at Stockholm University, Sweden. This newly established international collaboration will permit integration of methods and knowledge to study protein systems previously inaccessible to NMR, strengthen the profile of the applicant and foster research of the involved institutes.
Wissenschaftliches Gebiet
Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigenFinanzierungsplan
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordinator
93053 Regensburg
Deutschland