Opis projektu
Badanie kompleksów dużych białek metodą spektroskopii NMR
Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) służy do badania dynamiki białek w roztworze w dużym zakresie skali czasowej i w rozdzielczości jądrowej. Jednak badanie dużych białek metodą NMR wciąż stanowi duże wyzwanie, gdyż metoda ta służy przede wszystkim do badania małych białek. Celem finansowanego ze środków UE projektu NMRofLargeComplexes jest zwiększenie zakresu stosowania metody NMR, tak by objęła również kompleksy dużych białek. Badacze chcą ten cel osiągnąć łącząc najnowsze osiągnięcia z zakresu znakowania miejscowo specyficznego z nowymi metodami NMR i spektrometrami. Te postępy pomogą w badaniu ważnych z punktu widzenia funkcjonalnego dynamiki i oddziaływań między substratami kompleksów dużych białek, dając badaczom wgląd w zależności pomiędzy dynamiką, budową i funkcją. Prowadzone w ramach projektu badania skoncentrują się na egzosomie eukariotycznym, rozpuszczalnym niesymetrycznym dekamerze o masie 370 kDa, oraz antyporterze NapA Na+/H+ o masie 80 kDa, integralnym dimerem błonowym biorącym udział w transporcie jonów.
Cel
Dynamic properties of proteins are essential for their function. NMR can reveal protein dynamics in solution on a broad range of timescales and at atomic resolution. However, NMR studies of large proteins remain challenging since conventional NMR methods are constrained to small proteins. The aim of this project is to extend the NMR size limit to large protein complexes by combining recent developments in site-specific labeling schemes with novel NMR methods employing state-of-the-art spectrometers. This will facilitate the study of functionally essential but so far uncharacterized dynamics and substrate interactions of two large protein complexes, providing unprecedented insight into the relationship between dynamics, structure and function. Since most proteins are dynamic, extending the scope of protein complexes that are amenable to NMR study is of great interest to many areas of molecular biology. Studies will be conducted on the eukaryotic exosome, a 370 kDa soluble, asymmetric decamer involved in RNA degradation and processing, and the 80 kDa Na+/H+ antiporter NapA, an integral membrane dimer involved in ion transport. For the exosome, individual subunits will be 13C-methyl labeled; the employment of sophisticated NMR methods will then permit the detection of functionally essential dynamics and RNA-substrate binding patterns of the exosome. As NapA is a low-yield membrane protein, an inexpensive 19F-labeling approach will be employed to reveal global transport dynamics and local gating motions. Exosome production and all NMR experiments are to be conducted in Remco Spranger’s lab at the University of Regensburg, Germany. NapA will be produced during a secondment in David Drew’s lab at Stockholm University, Sweden. This newly established international collaboration will permit integration of methods and knowledge to study protein systems previously inaccessible to NMR, strengthen the profile of the applicant and foster research of the involved institutes.
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
93053 Regensburg
Niemcy