Descripción del proyecto
Métodos computacionales permiten detectar la reprogramación de la regulación genética en el cáncer
De la misma manera que muchas enfermedades están entrelazadas, muchos genes o partes de genes pueden interactuar entre sí para controlar funciones celulares específicas. Estos desempeñan un papel fundamental en el desarrollo, la diferenciación y la respuesta frente a estímulos ambientales y, además, son decisivos para el desarrollo de los tumores. Dichas redes de regulación genética controlan la expresión espacial y temporal de genes mediante la regulación de la transcripción del ADN en ARNm. Además, las redes de regulación genética no están programadas «per se», sino que pueden cambiar en asociación con diferentes fenotipos. El proyecto LINKER, financiado con fondos europeos, emplea métodos computacionales para identificar redes de regulación genética a partir de datos de secuencias de ARN y estudiar su reprogramación en el mieloma múltiple y la leucemia mieloblástica aguda, dos neoplasias hemáticas destacadas. El estudio incluirá la evaluación de la posible utilidad pronóstica de los nuevos datos sobre redes de regulación genética.
Objetivo
Genes and their corresponding pathways form networks that regulate various cellular functions that are critical in tumor development. These networks, coined Gene Regulatory Networks (GRNs), define the regulatory relationships among genes and provide a concise representation of the transcriptional regulatory landscape of the cell. Further, different phenotypes can lead to activation of different functional pathways by different global rewiring of the underlying GRNs. To uncover such transcriptional rewiring, in this project I will further advance and optimize a recent efficient computational method developed by myself, coined LINKER, aiming at uncovering GRNs from RNAseq data; and given those networks, develop efficient differential network analysis methods that will shed light into the regulatory rewiring associated with phenotype. As one of the key goals of this proposal is the translation of computational methods to advance clinical cancer knowledge, I will work with the hosting group to apply LINKER to uncover the transcriptional rewiring associated to hematological malignancies. Specifically, I will apply LINKER in a stepwise model first on available RNA-seq data from multiple myeloma and acute myeloblastic leukemia, and second to primary data from patients with these diseases provided by the hosting supervisor. Rewired GRNs between MM and normal BM plasma cells and between leukemic blast and normal hematopoietic progenitor cells, potentially implicated in the pathogenesis of the disease, will be functionally validated by state of the art gain and loss of function technologies (CRISPR/cas9). As data provided by the host institution includes clinical follow up from patients we will also examine the prognostic value of our identified GRN. I envision that LINKER will provide additional novel insights to our understanding of the key rewiring associated with these malignancies, increased by our ability to translate the discovered biomarkers to patient treatment.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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- ciencias naturalesinformática y ciencias de la informaciónciencias de la computación
- ciencias médicas y de la saludmedicina clínicaoncologíaleucemia
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Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panelCoordinador
31008 Pamplona
España