Description du projet
Des méthodes informatiques identifient le recâblage de la régulation des gènes dans le cancer
Tout comme de nombreuses maladies sont interconnectées, de nombreux gènes ou parties de gènes peuvent interagir entre eux pour contrôler des fonctions cellulaires spécifiques. Ils jouent un rôle important dans le développement, la différenciation et la réponse aux signaux environnementaux, et sont également fondamentaux au développement tumoral. Ces réseaux de régulation génétique (RRG) contrôlent l’expression temporelle et spatiale des gènes en contrôlant la transcription des gènes en ARNm. Par ailleurs, les RRG eux-mêmes ne sont pas connectés, mais peuvent être modifiés lorsqu’ils sont associés à différents phénotypes. Le projet LINKER, financé par l’UE, applique des méthodes informatiques pour identifier les RRG à partir de données sur les séquences d’ARN et étudier leur recâblage dans différents myélomes et la leucémie myéloblastique aiguë, deux importantes tumeurs malignes hématologiques. Cette étude inclura l’évaluation de l’utilité pronostique potentielle des nouvelles données sur les RRG.
Objectif
Genes and their corresponding pathways form networks that regulate various cellular functions that are critical in tumor development. These networks, coined Gene Regulatory Networks (GRNs), define the regulatory relationships among genes and provide a concise representation of the transcriptional regulatory landscape of the cell. Further, different phenotypes can lead to activation of different functional pathways by different global rewiring of the underlying GRNs. To uncover such transcriptional rewiring, in this project I will further advance and optimize a recent efficient computational method developed by myself, coined LINKER, aiming at uncovering GRNs from RNAseq data; and given those networks, develop efficient differential network analysis methods that will shed light into the regulatory rewiring associated with phenotype. As one of the key goals of this proposal is the translation of computational methods to advance clinical cancer knowledge, I will work with the hosting group to apply LINKER to uncover the transcriptional rewiring associated to hematological malignancies. Specifically, I will apply LINKER in a stepwise model first on available RNA-seq data from multiple myeloma and acute myeloblastic leukemia, and second to primary data from patients with these diseases provided by the hosting supervisor. Rewired GRNs between MM and normal BM plasma cells and between leukemic blast and normal hematopoietic progenitor cells, potentially implicated in the pathogenesis of the disease, will be functionally validated by state of the art gain and loss of function technologies (CRISPR/cas9). As data provided by the host institution includes clinical follow up from patients we will also examine the prognostic value of our identified GRN. I envision that LINKER will provide additional novel insights to our understanding of the key rewiring associated with these malignancies, increased by our ability to translate the discovered biomarkers to patient treatment.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturellesinformatique et science de l'informationscience informatique
- sciences médicales et de la santémédecine cliniqueoncologieleucémie
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MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panelCoordinateur
31008 Pamplona
Espagne