Descrizione del progetto
Metodi di calcolo per rilevare la ridefinizione della regolazione genica nel cancro
Così come molte malattie sono interconnesse, molti geni o parti di geni possono interagire per controllare specifiche funzioni cellulari. Essi svolgono un ruolo importante nello sviluppo, nella differenziazione e nella risposta ai segnali ambientali e sono inoltre determinanti nello sviluppo del tumore. Queste reti di regolazione genica (GRN, Gene Regulatory Networks) controllano l’espressione genica spaziale e temporale, controllando la trascrizione genica nell’mRNA. Inoltre, le GRN stesse non sono condizionate ma possono variare in associazione con differenti fenotipi. Il progetto LINKER, finanziato dall’UE, sta applicando metodi di calcolo per identificare le GRN dai dati della sequenza di RNA e studiare la loro ridefinizione nel mieloma multiplo e nella leucemia mieloblastica acuta, due importanti neoplasie ematologiche. Lo studio includerà la valutazione della potenziale utilità prognostica dei nuovi dati delle GRN.
Obiettivo
Genes and their corresponding pathways form networks that regulate various cellular functions that are critical in tumor development. These networks, coined Gene Regulatory Networks (GRNs), define the regulatory relationships among genes and provide a concise representation of the transcriptional regulatory landscape of the cell. Further, different phenotypes can lead to activation of different functional pathways by different global rewiring of the underlying GRNs. To uncover such transcriptional rewiring, in this project I will further advance and optimize a recent efficient computational method developed by myself, coined LINKER, aiming at uncovering GRNs from RNAseq data; and given those networks, develop efficient differential network analysis methods that will shed light into the regulatory rewiring associated with phenotype. As one of the key goals of this proposal is the translation of computational methods to advance clinical cancer knowledge, I will work with the hosting group to apply LINKER to uncover the transcriptional rewiring associated to hematological malignancies. Specifically, I will apply LINKER in a stepwise model first on available RNA-seq data from multiple myeloma and acute myeloblastic leukemia, and second to primary data from patients with these diseases provided by the hosting supervisor. Rewired GRNs between MM and normal BM plasma cells and between leukemic blast and normal hematopoietic progenitor cells, potentially implicated in the pathogenesis of the disease, will be functionally validated by state of the art gain and loss of function technologies (CRISPR/cas9). As data provided by the host institution includes clinical follow up from patients we will also examine the prognostic value of our identified GRN. I envision that LINKER will provide additional novel insights to our understanding of the key rewiring associated with these malignancies, increased by our ability to translate the discovered biomarkers to patient treatment.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione scienze computazionali
- scienze mediche e della salute medicina clinica oncologia leucemia
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panel
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2019
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
31008 Pamplona
Spagna
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.