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Functional Lipid−Protein Interactions in Integral Membrane Proteins

Descrizione del progetto

Adoperare i domini transmembrana come nuovi bersagli farmacologici

Le proteine delle membrane rappresentano importanti bersagli farmacologici per combattere molte malattie. Tuttavia, la natura dei siti di legame del ligando presenti su queste proteine limita la specificità dei farmaci dando origine a numerosi effetti collaterali. Prove emergenti sull’interazione dei domini transmembrana (TMD, Trans-Membrane Domain) con i lipidi della membrana plasmatica hanno portato i ricercatori del progetto Lipopeutics, finanziato dall’UE, a esaminare il potenziale derivante dall’intervento su queste parti delle proteine utilizzando farmaci allosterici. Tramite simulazioni di dinamica molecolare, il progetto identificherà specifici siti di legame lipidico all’interno dei TMD e progetterà composti in grado di legarsi all’interno della tasca idrofobica del TMD, stabilizzando lo stato funzionale della proteina.

Obiettivo

Membrane proteins constitute a third of the human proteome and their relevance to disease has led these proteins to make up more than half of all current drug targets. However, despite this push to identify agents for membrane proteins, the number of established disease-associated targets are limited. The 'open' and solvent-accessible nature of most membrane protein orthosteric sites often results in limited specificity of potential drugs.

The Trans-Membrane domains (TMD) while displaying greater variability among membrane proteins were however long considered lacking in specific interactions. But significant developments in experimental techniques are now identifying this domain to interact and be actively regulated by the diverse lipid components of the membrane. This Lipopeutics project attempts to determine if the analysis of the protein's Lipid interactions can be a pathway to the development of allosteric drugs targeted at these bilayer-exposed pockets.

Unfolding in three major steps, the project first aims to identify specific lipid binding sites with the TMD through the use of long-timescale coarse-grain Molecular Dynamics simulations. Subsequently, the role of this lipid binding event in the protein's functional modulation is validated through atomistic simulations using the Markov State Modelling approach. Finally, cheminformatic screening is used to design lipid-mimicking compounds that are capable of binding within the hydrophobic pocket and stabilizing specific protein functional states.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2019

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

KUNGLIGA TEKNISKA HOEGSKOLAN
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 191 852,16
Indirizzo
BRINELLVAGEN 8
100 44 Stockholm
Svezia

Mostra sulla mappa

Regione
Östra Sverige Stockholm Stockholms län
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 191 852,16
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