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Characterizing the roles of transcription factor isoforms in rewiring gene regulatory networks during adipogenesis

Descripción del proyecto

Isoformas de factores de transcripción en la adipogénesis

El tejido adiposo es un punto fundamental en la regulación metabólica, y comprender cómo se desarrollan los adipocitos constituye un paso crucial para diseñar estrategias de tratamiento e intervención efectivas para los trastornos metabólicos. La adipogénesis está regulada por una red de regulación genética de factores de transcripción (TF, ing. transcription factor) activados sucesivamente. Muchos de estos TF presentan distintas formas de la misma proteína, las denominadas isoformas, y, en algunos TF, se ha demostrado que su función difiere de unas isoformas a otras. El objetivo del proyecto financiado con fondos europeos FatTFIso es estudiar en qué medida la red de regulación genética relacionada con la adipogénesis está modulada por las isoformas de los TF. Los hallazgos de este proyecto mejorarán nuestra comprensión de los mecanismos transcripcionales que rigen la adipogénesis. Los resultados tendrán repercusiones más amplias en la función de las isoformas de los TF en la regulación genética, lo que pondrá de relieve la complejidad de los mecanismos de regulación genética que subyacen a la especificidad de células y tejidos.

Objetivo

Metabolism-related disorders like obesity are on the rise worldwide, posing a major global disease burden. Fat tissue is a key site of metabolic regulation, and understanding how adipocytes develop is an important step in designing effective treatment or intervention strategies. This proposal aims to understand the gene regulatory network (GRN) underlying adipogenesis and to which extent this GRN is modulated by transcription factor (TF) isoforms. Adipogenesis is regulated by a network of successively activated TFs. Many of these TFs have multiple isoforms, a handful of which (e.g. PPARγ) are known to function divergently from their reference forms. Thus, this project will investigate the potentially key role of TF isoforms in shaping the adipogenic program and its robustness. In Objective 1, I will combine computational analysis with a novel microfluidic in vitro TF–DNA binding assay to characterize the DNA binding specificities of TF isoforms with the goal of identifying those that have the potential to rewire GRNs. In Objective 2, I will screen for TF isoforms that modulate the process of adipogenesis, using a novel droplet-based single-cell technology to assay how adipocyte differentiation changes in response to TF isoform overexpression. ChIP-seq and single-cell transcriptome profiling, combined with powerful computational analysis, will elucidate the molecular basis of these changes in relation to GRNs. Findings from this project will improve our understanding of transcriptional mechanisms in adipogenesis. Furthermore, results will have broad implications for the role of TF isoforms in gene regulation, highlighting the complexity of gene regulatory mechanisms that underlie cell and tissue specificity.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

Palabras clave

Programa(s)

Tema(s)

Régimen de financiación

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

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Convocatoria de propuestas

(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2019

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Coordinador

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Aportación neta de la UEn
€ 203 149,44
Dirección
BATIMENT CE 3316 STATION 1
1015 Lausanne
Suiza
Región
Schweiz/Suisse/Svizzera Région lémanique Vaud
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Enlaces
Coste total
€ 203 149,44