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Characterizing the roles of transcription factor isoforms in rewiring gene regulatory networks during adipogenesis

Description du projet

Les isoformes des facteurs de transcription dans l’adipogenèse

Le tissu adipeux est un site clé de régulation métabolique, et la compréhension de la manière dont les adipocytes se développent constitue une étape majeure dans la conception d’un traitement et de stratégies d’intervention efficaces pour les troubles métaboliques. L’adipogenèse est régulée par un réseau de régulation génétique (RRG) des facteurs de transcription (FT) activés avec succès. Bon nombre de ces FT existent sous des formes distinctes de protéines, appelées isoformes, et il a été démontré que les isoformes de certains FT fonctionnent différemment les unes des autres. Le projet FatTFIso, financé par l’UE, entend étudier la mesure dans laquelle le RRG adipeux est modulé par les isoformes des FT. Les conclusions du projet permettront d’améliorer notre compréhension des mécanismes de transcription qui dirigent l’adipogenèse. Les résultats auront de vastes répercussions sur le rôle des isoformes des FT dans la régulation des gènes, en soulignant la complexité des mécanismes de régulation des gènes qui sous‑tendent la spécificité cellulaire et tissulaire.

Objectif

Metabolism-related disorders like obesity are on the rise worldwide, posing a major global disease burden. Fat tissue is a key site of metabolic regulation, and understanding how adipocytes develop is an important step in designing effective treatment or intervention strategies. This proposal aims to understand the gene regulatory network (GRN) underlying adipogenesis and to which extent this GRN is modulated by transcription factor (TF) isoforms. Adipogenesis is regulated by a network of successively activated TFs. Many of these TFs have multiple isoforms, a handful of which (e.g. PPARγ) are known to function divergently from their reference forms. Thus, this project will investigate the potentially key role of TF isoforms in shaping the adipogenic program and its robustness. In Objective 1, I will combine computational analysis with a novel microfluidic in vitro TF–DNA binding assay to characterize the DNA binding specificities of TF isoforms with the goal of identifying those that have the potential to rewire GRNs. In Objective 2, I will screen for TF isoforms that modulate the process of adipogenesis, using a novel droplet-based single-cell technology to assay how adipocyte differentiation changes in response to TF isoform overexpression. ChIP-seq and single-cell transcriptome profiling, combined with powerful computational analysis, will elucidate the molecular basis of these changes in relation to GRNs. Findings from this project will improve our understanding of transcriptional mechanisms in adipogenesis. Furthermore, results will have broad implications for the role of TF isoforms in gene regulation, highlighting the complexity of gene regulatory mechanisms that underlie cell and tissue specificity.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2019

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Coordinateur

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Contribution nette de l'UE
€ 203 149,44
Adresse
BATIMENT CE 3316 STATION 1
1015 Lausanne
Suisse
Région
Schweiz/Suisse/Svizzera Région lémanique Vaud
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total
€ 203 149,44