Career Accelerator for Research Infrastructure Scientists

Leistungen

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Veröffentlichungen

Assessment of Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry (DIA-MS) for the Identification of Single Amino Acid Variants

Autoren: Ivo Fierro-Monti, Klemens Fröhlich, Christian Schori, Alexander Schmidt
Veröffentlicht in: Proteomes, Ausgabe 12, 2024, Seite(n) 33, ISSN 2227-7382
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/proteomes12040033

MosaiCatcher v2: a single-cell structural variations detection and analysis reference framework based on Strand-seq

Autoren: Thomas Weber, Marco Raffaele Cosenza, Jan Korbel
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad633

The crystal structure of Nictaba reveals its carbohydrate-binding properties and a new lectin dimerization mode

Autoren: Yehudi Bloch, Vinicius J S Osterne, Savvas N Savvides, Els J M Van Damme
Veröffentlicht in: Glycobiology, Ausgabe 34, 2024, ISSN 1460-2423
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/glycob/cwae087

Biophysical screening pipeline for Cryo-EM grid preparation of membrane proteins

Autoren: Niebling S, Veith K, Vollmer B, Lizarrondo J, Burastero O, Schiller J, Struve García A, Lewe P, Seuring C, Witt S, García-Alai M.
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fmolb.2022.882288

Three-photon microscopy: an emerging technique for deep intravital brain imaging

Autoren: Robert Prevedel, Júlia Ferrer Ortas, Jason N. D. Kerr, Jack Waters, Michael O. Breckwoldt, Benjamin Deneen, Michelle Monje, Stella J. Soyka, Varun Venkataramani
Veröffentlicht in: Nature Reviews Neuroscience, 2025, ISSN 1471-003X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41583-025-00937-y

ChiraKit: an online tool for the analysis of circular dichroism spectroscopy data

Autoren: Osvaldo Burastero, Nykola C Jones, Lucas A Defelipe, Uroš Zavrtanik, San Hadži, Søren Vrønning Hoffmann, Maria M Garcia-Alai
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf350

Quantifying conformational changes in the TCR:pMHC-I binding interface

Autoren: Benjamin McMaster, Christopher J. Thorpe, Jamie Rossjohn, Charlotte M. Deane, Hashem Koohy
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 15, 2024, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2024.1491656

RBPs: an RNA editor’s choice

Autoren: Ivo Fierro-Monti
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 11, 2024, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2024.1454241

Raynals, an online tool for the analysis of dynamic light scattering

Autoren: Osvaldo Burastero, George Draper-Barr, Bertrand Raynal Maelenn Chevreuil, Patrick Englandc and Maria Garcia Alai
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, 2023, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr/Wiley
DOI: 10.1107/s2059798323004862

Pervasive sublethal effects of agrochemicals on insects at environmentally relevant concentrations

Autoren: Lautaro Gandara, Richard Jacoby, François Laurent, Matteo Spatuzzi, Nikolaos Vlachopoulos, Noa O. Borst, Gülina Ekmen, Clement M. Potel, Martin Garrido-Rodriguez, Antonia L. Böhmert, Natalia Misunou, Bartosz J. Bartmanski, Xueying C. Li, Dominik Kutra, Jean-Karim Hériché, Christian Tischer, Maria Zimmermann-Kogadeeva, Victoria A. Ingham, Mikhail M. Savitski, Jean-Baptiste Masson, Michael Zimm
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 386, 2024, Seite(n) 446-453, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ado0251

Identifying individuals using proteomics: are we there yet?

Autoren: Ivo Fierro-Monti, James C Wright, Jyoti S Choudhary, Juan Antonio Vizcaíno
Veröffentlicht in: Frontiers in molecular biosciences, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2022.1062031

Dataset from a human-in-the-loop approach to identify functionally important protein residues from literature

Autoren: Melanie Vollmar, Santosh Tirunagari, Deborah Harrus, David Armstrong, Romana Gáborová, Deepti Gupta, Marcelo Querino Lima Afonso, Genevieve Evans, Sameer Velankar
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 11, 2024, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-024-03841-9

Europe PMC in 2023.

Autoren: Summer Rosonovski , Maria Levchenko , Rajat Bhatnagar, Umamageswari Chandrasekaran, Lynne Faulk, Islam Hassan, Matt Jeffryes, Syed Irtaza Mubashar, Maaly Nassar , Madhumiethaa Jayaprabha Palanisamy, Michael Parkin, Jagadeeswararao Poluru, Frances Rogers, Shyamasree Saha, Mohamed Selim, Zunaira Shafique, Michele Ide-Smith, David Stephenson, Santosh Tirunagari, Aravind Venkatesan, Lijun Xing and Mel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad1085

Mesoscopic axially swept oblique plane microscope for the imaging of freely moving organisms with near-isotropic resolution

Autoren: Samuel Davis, Jon-Richard Sommernes, Sebastian Hambura, Levin Riedel, Alejandro Gil, Aissam Ikmi, Florian Ströhl, Robert Prevedel
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 6715, ISSN 2156-7085
Herausgeber: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.537262

High-resolution X-ray phase-contrast tomography of human placenta with different wavefront markers

Autoren: Sara Savatović, Davis Laundon, Fabio De Marco, Mirko Riedel, Jörg U. Hammel, Madleen Busse, Murielle Salomé, Lorella Pascolo, Irene Zanette, Rohan M. Lewis, Julia Herzen, Pierre Thibault
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-85105-z

Cosolvent Sites-Based Discovery of<i>Mycobacterium Tuberculosis</i>Protein Kinase G Inhibitors

Autoren: Osvaldo Burastero, Lucas A. Defelipe, Gabriel Gola, Nancy L. Tateosian, Elias D. Lopez, Camila Belen Martinena, Juan Pablo Arcon, Martín Dodes Traian, Diana E. Wetzler, Isabel Bento, Xavier Barril, Javier Ramirez, Marcelo A. Marti, Maria M. Garcia-Alai, Adrián G. Turjanski
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe 65, 2024, Seite(n) 9691-9705, ISSN 0022-2623
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c02012

Subtleties in Clathrin heavy chain binding boxes provide selectivity among adaptor proteins of budding yeast

Autoren: Lucas A. Defelipe, Katharina Veith, Osvaldo Burastero, Tatiana Kupriianova, Isabel Bento, Michal Skruzny, Knut Kölbel, Charlotte Uetrecht, Roland Thuenauer, Maria M. García-Alai
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54037-z

LitSumm: large language models for literature summarization of noncoding RNAs

Autoren: Andrew Green, Carlos Eduardo Ribas, Nancy Ontiveros-Palacios, Sam Griffiths-Jones, Anton I Petrov, Alex Bateman, Blake Sweeney
Veröffentlicht in: Database, Ausgabe 2025, 2025, ISSN 1758-0463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/database/baaf006

<i>In situ</i> serial crystallography facilitates 96-well plate structural analysis at low symmetry

Autoren: Nicolas Foos, Jean-Baptise Florial, Mathias Eymery, Jeremy Sinoir, Franck Felisaz, Marcus Oscarsson, Antonia Beteva, Matthew W. Bowler, Didier Nurizzo, Gergely Papp, Montserrat Soler-Lopez, Max Nanao, Shibom Basu, Andrew A. McCarthy
Veröffentlicht in: IUCrJ, Ausgabe 11, 2024, Seite(n) 780-791, ISSN 2052-2525
Herausgeber: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/s2052252524005785

Visualizing metagenomic and metatranscriptomic data: A comprehensive review

Autoren: Eleni Aplakidou, Nikolaos Vergoulidis, Maria Chasapi, Nefeli K. Venetsianou, Maria Kokoli, Eleni Panagiotopoulou, Ioannis Iliopoulos, Evangelos Karatzas, Evangelos Pafilis, Ilias Georgakopoulos-Soares, Nikos C. Kyrpides, Georgios A. Pavlopoulos, Fotis A. Baltoumas
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 23, 2025, Seite(n) 2011-2033, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.04.060

Robust dark-field signal extraction for modulation-based x-ray tensor tomography

Autoren: Ginevra Lautizi, Vittorio Di Trapani, Alain Studer, Marie-Christine Zdora, Fabio De Marco, Jisoo Kim, Federica Marone, Marco Stampanoni, Pierre Thibault
Veröffentlicht in: Applied Physics Letters, Ausgabe 125, 2025, ISSN 0003-6951
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0244120

Can AlphaFold’s breakthrough in protein structure help decode the fundamental principles of adaptive cellular immunity?

Autoren: Benjamin McMaster, Christopher Thorpe, Graham Ogg, Charlotte M. Deane & Hashem Koohy
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02240-7

Image scanning microscopy reconstruction by autocorrelation inversion

Autoren: Daniele Ancora, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini, Alvaro H Crevenna
Veröffentlicht in: Journal of Physics: Photonics, Ausgabe 6, 2024, Seite(n) 045003, ISSN 2515-7647
Herausgeber: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2515-7647/ad68dd

Conference (poster and talk): eSPC, an online data-analysis platform for molecular biophysics

Autoren: Osvaldo Burastero, Stephan Niebling, Angelica Struve, Maria Garcia Alai
Veröffentlicht in: 1st MOSBRI Scientific Conference, 2022
Herausgeber: MOlecular-Scale Biophysics Research Infrastructure (MOSBRI)

Elucidating the mechanisms of action and evolutionary history of phage anti-defence proteins

Autoren: Khalimat Murtazalieva, Evangelos Karatzas, Federico Corona, Jiawei Wang, Athanasios Typas, Robert D. Finn
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.06.06.658234

metagRoot: A comprehensive database of protein families associated with plant root microbiomes

Autoren: Maria N. Chasapi, Iro N. Chasapi, Eleni Aplakidou, Fotis A. Baltoumas, Evangelos Karatzas, Ioannis Iliopoulos, Dimitrios J. Stravopodis, Ioannis Z. Emiris, Aydin Buluç, Ilias Georgakopoulos-Soares, Nikos C. Kyrpides, Georgios A. Pavlopoulos
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.05.22.653656

Conference (talk):Shining a Light on Dynamic Data: From generation to interpretation

Autoren: Osvaldo Burastero
Veröffentlicht in: 2nd MOSBRI Scientific Conference, 2023
Herausgeber: MOlecular-Scale Biophysics Research Infrastructure (MOSBRI)

Conference poster:eSPC, an online data-analysis platform for molecular biophysics

Autoren: Osvaldo Burastero, Angelica Struve, Stephan Niebling, Maria Garcia Alai
Veröffentlicht in: Instruct Biennial Structural Biology Conference, 2022
Herausgeber: Instruct-ERIC

Early regional lymph node activation drives influenza vaccine responses in an ancestrally diverse cohort

Autoren: Jacqueline HY Siu, Sofia Coelho, Aime Palomeras, Sandra Belij-Rammerstorfer, Chloe H Lee, Tamara Strobel, Christopher Thorpe, Charandeep Kaur, Tom Cole, Nico Remmert, Jamie Fowler, Sam Pledger, Kyla B Dooley, Daniel Opoka, Tamas Szommer, Samantha Vanderslott, Pontiano Kaleebu, Anita Milicic, Donald B Palmer, Teresa Lambe, Brian D Marsden, Hashem Koohey, Mark Coles, Calliope A Dendrou, Katrina M Po
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.28.620725

Biocuration Toolbox

Autoren: Matt Jeffryes
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Matt Jeffreys

Image Scanning Microscopy Reconstruction by Autocorrelation Inversion

Autoren: Daniele Ancora, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini, Alvaro H. Crevenna
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: ArXiv.org
DOI: 10.48550/arxiv.2404.08946

High-quality peptide evidence for annotating non-canonical open reading frames as human proteins

Autoren: Eric W Deutsch, Leron W Kok, Jonathan M Mudge, Jorge Ruiz-Orera, Ivo Fierro-Monti, Zhi Sun, Jennifer G Abelin, M Mar Alba, Julie L Aspden, Ariel A Bazzini, Elspeth A Bruford, Marie A Brunet, Lorenzo Calviello, Steven A Carr, Anne-Ruxandra Carvunis, Sonia Chothani, Jim Clauwaert, Kellie Dean, Pouya Faridi, Adam Frankish, Norbert Hubner, Nicholas T Ingolia, Michele Magrane, Maria Jesus Martin, Thoma
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.09.612016

Biophysical Characterization of Membrane Proteins

Autoren: Niebling S, Burastero O, García-Alai M.
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology book series (MIMB,volume 2652), 2023, ISSN 978-1-0716-3146-1978-1-0716-3147-8
Herausgeber: Humana, New York, NY (Springer)
DOI: 10.1007/978-1-0716-3147-8_12

“Recombineering: A Modern Approach to Genetic Engineering

Autoren: Sawitzke, J.A., Barenghi, A., Thomason, L., Costantino, N. and Court, D.
Veröffentlicht in: Brenner’s Encyclopaedia of Genetics 3rd Edition, 2023, ISBN 9780123749840
Herausgeber: Elsevier

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