Revealing the Synapse Architecture and Plasticity by Structural Interactomics

Información del proyecto

SynLink

Identificador del acuerdo de subvención: 949184

DOI

10.3030/949184

Proyecto finalizado el 31 Octubre 2026

Fecha de la firma de la CE 26 Octubre 2020

Fecha de inicio 1 Enero 2021

Fecha de finalización 31 Diciembre 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 499 243,00

Aportación de la UE

€ 1 499 243,00

Coordinado por

FORSCHUNGSVERBUND BERLIN EV
Germany

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Publicaciones

Peer reviewed articles (18)

AIRPred: A Deep Learning Model Predictor for Peptide Intensity Ratios in Cross-Linking Mass Spectrometry Improves Cross-Link Spectrum Matching

Autores: Zehong Zhang, Mei Wu, Max Ruwolt, Ying Zhu, Pin-Lian Jiang, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Publicado en: Analytical Chemistry, Edición 97, 2025, Página(s) 25500-25509, ISSN 0003-2700
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.5c03597

Integrative Molecular Dynamics Simulations Untangle Cross‐Linking Data to Unveil Mitochondrial Protein Distributions

Autores: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Publicado en: Angewandte Chemie International Edition, Edición 64, 2025, ISSN 1433-7851
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202417804

Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

Autores: Boris Bogdanow, Max Ruwolt, Julia Ruta, Lars Mühlberg, Cong Wang, Wen-feng Zeng, Arne Elofsson, Fan Liu
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 21, 2025, Página(s) 90-106, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00079-w

Integrative structural interactomics reveals protein organization and structure in a giant virus

Autores: Lars Mühlberg, Julia Ruta, Vasilii Mikirtumov, Raymond Burton-Smith, Kazuyoshi Murata, Mikhail Kudryashev, Kenta Okamoto, Boris Bogdanow, Fan Liu
Publicado en: Nature Communications, Edición 17, 2026, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-74973-2

Controlling the interaction between <scp>CaMKII</scp> and Calmodulin with a photocrosslinking unnatural amino acid

Autores: Iva Lučić, Pin‐Lian Jiang, Andreas Franz, Yuval Bursztyn, Fan Liu, Andrew J. R. Plested
Publicado en: Protein Science, Edición 32, 2023, ISSN 0961-8368
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4798

Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

Autores: Ying Zhu, Kerem Can Akkaya, Julia Ruta, Nanako Yokoyama, Cong Wang, Max Ruwolt, Diogo Borges Lima, Martin Lehmann, Fan Liu
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-47569-x

The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

Autores: Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu
Publicado en: Current Opinion in Structural Biology, Edición 2, 2023, ISSN 1879-033X
Editor: elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102648

Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

Autores: Milan Avila Clasen, Max Ruwolt, Cong Wang, Julia Ruta, Boris Bogdanow, Louise U. Kurt, Zehong Zhang, Shuai Wang, Fabio C. Gozzo, Tao Chen, Paulo C. Carvalho, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Publicado en: Nature Methods, Edición 21, 2024, Página(s) 2327-2335, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02478-1

Optimized In‐Solution and Gas‐Phase Chemistry Enables High‐Efficiency Interactome Mapping by DSBSO‐Based Cross‐Linking Mass Spectrometry

Autores: Pin‐Lian Jiang, Ying Zhu, Jiaxin Cai, Cong Wang, Mei Wu, Ke Pu, Fan Liu
Publicado en: Angewandte Chemie International Edition, Edición 65, 2026, ISSN 1433-7851
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202518355

CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

Autores: Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus C Wahl; Fan Liu; Andrew JR Plested
Publicado en: elife, Edición 2, 2023, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.86090

A Membrane‐Permeable and Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) Enrichable Cross‐Linking Reagent to Advance In Vivo Cross‐Linking Mass Spectrometry

Autores: Pin‐Lian Jiang; Cong Wang; Anne Diehl; Rosa Viner; Chris Etienne; Premchendar Nandhikonda; Leigh Foster; Ryan D. Bomgarden; Fan Liu
Publicado en: Angewandte Chemie, Edición 1, 2021, ISSN 1521-3757
Editor: wiley
DOI: 10.1002/anie.202113937

Real-time library search increases cross-link identification depth across all levels of sample complexity

Autores: Ruwolt M., He Y, Lima D.B., Barshop W., Broichhagen J., Huguet R., Viner R., Liu F.
Publicado en: Analytical Chemistry, 2023, ISSN 0003-2700
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05141

Integrative Molekulardynamiksimulationen entwirren cross‐linking Daten und zeigen Verteilungen von mitochondrialen Proteinen

Autores: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Publicado en: Angewandte Chemie, Edición 137, 2025, ISSN 0044-8249
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202417804

Molecular architecture of synaptic vesicles

Autores: Uljana Kravcenko, Max Ruwolt, Jana Kroll, Artsemi Yushkevich, Martina Zenkner, Julia Ruta, Rowaa Lotfy, Erich E. Wanker, Christian Rosenmund, Fan Liu, Mikhail Kudryashev
Publicado en: PNAS, 2025, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.04.11.588828

Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

Autores: Samira Klössel, Ying Zhu, Lucia Amado, Daniel D Bisinski, Julia Ruta, Fan Liu, Ayelén González Montoro
Publicado en: The EMBO Journal, Edición 43, 2024, Página(s) 1870-1897, ISSN 1460-2075
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44318-024-00097-2

Deciphering Membrane Protein Complexes in Plasmodium falciparum Gametocytes via Integrative Structural Systems Biology

Autores: Siavash Mostafavi, Valentin Maurer, Max Ruwolt, Jennifer Schwartz, Frank Stein, Korbinian Niedermüller, Tim Wolf Gilberger, Fan Liu, Carolin Seuring, Susanne Witt, Jan Kosinski, Christian Löw, Michael Filarsky
Publicado en: Molecular &amp; Cellular Proteomics, Edición 25, 2026, Página(s) 101567, ISSN 1535-9476
Editor: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2026.101567

Optimized TMT-based quantitative cross-linking mass spectrometry strategy for large-scale interactomic studies

Autores: Ruwolt M., Schnirch L., Lima D.B., Nadler-Holly M., Viner R., Liu F.
Publicado en: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04812

Q2C: A oftware for anaging ass pectrometry acilities

Autores: Diogo B. Lima, Max Ruwolt, Marlon D.M. Santos, Ke Pu, Fan Liu, Paulo C. Carvalho
Publicado en: Journal of Proteomics, Edición 321, 2025, Página(s) 105511, ISSN 1874-3919
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2025.105511

Other (1)

Site-resolved spatial and structural interactome of a human cell

Autores: Zehong Zhang, Nanako Yokoyama, Ying Zhu, Julia Ruta, Jiale Cheng, Vini Natalia, Tolga Soykan, Volker Haucke, Fan Liu
Publicado en: bioRxiv, 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.09.08.749775