Revealing the Synapse Architecture and Plasticity by Structural Interactomics

Projektinformationen

SynLink

ID Finanzhilfevereinbarung: 949184

DOI

10.3030/949184

EK-Unterschriftsdatum 26 Oktober 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 31 Dezember 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 243,00

EU-Beitrag

€ 1 499 243,00

Koordiniert durch

FORSCHUNGSVERBUND BERLIN EV
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Integrative Molecular Dynamics Simulations Untangle Cross‐Linking Data to Unveil Mitochondrial Protein Distributions

Autoren: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 64, 2025, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202417804

Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

Autoren: Boris Bogdanow, Max Ruwolt, Julia Ruta, Lars Mühlberg, Cong Wang, Wen-feng Zeng, Arne Elofsson, Fan Liu
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) 90-106, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00079-w

Controlling the interaction between <scp>CaMKII</scp> and Calmodulin with a photocrosslinking unnatural amino acid

Autoren: Iva Lučić, Pin‐Lian Jiang, Andreas Franz, Yuval Bursztyn, Fan Liu, Andrew J. R. Plested
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 32, 2023, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4798

Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

Autoren: Ying Zhu, Kerem Can Akkaya, Julia Ruta, Nanako Yokoyama, Cong Wang, Max Ruwolt, Diogo Borges Lima, Martin Lehmann, Fan Liu
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-47569-x

The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

Autoren: Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 2, 2023, ISSN 1879-033X
Herausgeber: elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102648

Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

Autoren: Milan Avila Clasen, Max Ruwolt, Cong Wang, Julia Ruta, Boris Bogdanow, Louise U. Kurt, Zehong Zhang, Shuai Wang, Fabio C. Gozzo, Tao Chen, Paulo C. Carvalho, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 21, 2024, Seite(n) 2327-2335, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02478-1

CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

Autoren: Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus C Wahl; Fan Liu; Andrew JR Plested
Veröffentlicht in: elife, Ausgabe 2, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.86090

A Membrane‐Permeable and Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) Enrichable Cross‐Linking Reagent to Advance In Vivo Cross‐Linking Mass Spectrometry

Autoren: Pin‐Lian Jiang; Cong Wang; Anne Diehl; Rosa Viner; Chris Etienne; Premchendar Nandhikonda; Leigh Foster; Ryan D. Bomgarden; Fan Liu
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1521-3757
Herausgeber: wiley
DOI: 10.1002/anie.202113937

Real-time library search increases cross-link identification depth across all levels of sample complexity

Autoren: Ruwolt M., He Y, Lima D.B., Barshop W., Broichhagen J., Huguet R., Viner R., Liu F.
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, 2023, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05141

Integrative Molekulardynamiksimulationen entwirren cross‐linking Daten und zeigen Verteilungen von mitochondrialen Proteinen

Autoren: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, Ausgabe 137, 2025, ISSN 0044-8249
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202417804

Molecular architecture of synaptic vesicles

Autoren: Uljana Kravcenko, Max Ruwolt, Jana Kroll, Artsemi Yushkevich, Martina Zenkner, Julia Ruta, Rowaa Lotfy, Erich E. Wanker, Christian Rosenmund, Fan Liu, Mikhail Kudryashev
Veröffentlicht in: PNAS, 2025, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.04.11.588828

Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

Autoren: Samira Klössel, Ying Zhu, Lucia Amado, Daniel D Bisinski, Julia Ruta, Fan Liu, Ayelén González Montoro
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 1870-1897, ISSN 1460-2075
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44318-024-00097-2

Optimized TMT-based quantitative cross-linking mass spectrometry strategy for large-scale interactomic studies

Autoren: Ruwolt M., Schnirch L., Lima D.B., Nadler-Holly M., Viner R., Liu F.
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04812

Q2C: A oftware for anaging ass pectrometry acilities

Autoren: Diogo B. Lima, Max Ruwolt, Marlon D.M. Santos, Ke Pu, Fan Liu, Paulo C. Carvalho
Veröffentlicht in: Journal of Proteomics, Ausgabe 321, 2025, Seite(n) 105511, ISSN 1874-3919
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2025.105511

Non-peer reviewed articles (1)

Integrative structural interactomics reveals protein organization and structure in a giant virus

Autoren: Lars Mühlberg, Julia Ruta, Vasilii Mikirtumov, Raymond Burton-Smith, Kazuyoshi Murata, Mikhail Kudryashev, Kenta Okamoto, Boris Bogdanow, Fan Liu
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2025, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.06.16.659922