Revealing the Synapse Architecture and Plasticity by Structural Interactomics

Informacje na temat projektu

SynLink

Identyfikator umowy o grant: 949184

DOI

10.3030/949184

Data podpisania przez KE 26 Października 2020

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2021

Data zakończenia 31 Grudnia 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 499 243,00

Wkład UE

€ 1 499 243,00

Koordynowany przez

FORSCHUNGSVERBUND BERLIN EV
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (14)

Integrative Molecular Dynamics Simulations Untangle Cross‐Linking Data to Unveil Mitochondrial Protein Distributions

Autorzy: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 64, 2025, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202417804

Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

Autorzy: Boris Bogdanow, Max Ruwolt, Julia Ruta, Lars Mühlberg, Cong Wang, Wen-feng Zeng, Arne Elofsson, Fan Liu
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 21, 2025, Strona(/y) 90-106, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00079-w

Controlling the interaction between <scp>CaMKII</scp> and Calmodulin with a photocrosslinking unnatural amino acid

Autorzy: Iva Lučić, Pin‐Lian Jiang, Andreas Franz, Yuval Bursztyn, Fan Liu, Andrew J. R. Plested
Opublikowane w: Protein Science, Numer 32, 2023, ISSN 0961-8368
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4798

Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

Autorzy: Ying Zhu, Kerem Can Akkaya, Julia Ruta, Nanako Yokoyama, Cong Wang, Max Ruwolt, Diogo Borges Lima, Martin Lehmann, Fan Liu
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-47569-x

The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

Autorzy: Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu
Opublikowane w: Current Opinion in Structural Biology, Numer 2, 2023, ISSN 1879-033X
Wydawca: elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102648

Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

Autorzy: Milan Avila Clasen, Max Ruwolt, Cong Wang, Julia Ruta, Boris Bogdanow, Louise U. Kurt, Zehong Zhang, Shuai Wang, Fabio C. Gozzo, Tao Chen, Paulo C. Carvalho, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 21, 2024, Strona(/y) 2327-2335, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02478-1

CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

Autorzy: Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus C Wahl; Fan Liu; Andrew JR Plested
Opublikowane w: elife, Numer 2, 2023, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.86090

A Membrane‐Permeable and Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) Enrichable Cross‐Linking Reagent to Advance In Vivo Cross‐Linking Mass Spectrometry

Autorzy: Pin‐Lian Jiang; Cong Wang; Anne Diehl; Rosa Viner; Chris Etienne; Premchendar Nandhikonda; Leigh Foster; Ryan D. Bomgarden; Fan Liu
Opublikowane w: Angewandte Chemie, Numer 1, 2021, ISSN 1521-3757
Wydawca: wiley
DOI: 10.1002/anie.202113937

Real-time library search increases cross-link identification depth across all levels of sample complexity

Autorzy: Ruwolt M., He Y, Lima D.B., Barshop W., Broichhagen J., Huguet R., Viner R., Liu F.
Opublikowane w: Analytical Chemistry, 2023, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05141

Integrative Molekulardynamiksimulationen entwirren cross‐linking Daten und zeigen Verteilungen von mitochondrialen Proteinen

Autorzy: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Opublikowane w: Angewandte Chemie, Numer 137, 2025, ISSN 0044-8249
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202417804

Molecular architecture of synaptic vesicles

Autorzy: Uljana Kravcenko, Max Ruwolt, Jana Kroll, Artsemi Yushkevich, Martina Zenkner, Julia Ruta, Rowaa Lotfy, Erich E. Wanker, Christian Rosenmund, Fan Liu, Mikhail Kudryashev
Opublikowane w: PNAS, 2025, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.04.11.588828

Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

Autorzy: Samira Klössel, Ying Zhu, Lucia Amado, Daniel D Bisinski, Julia Ruta, Fan Liu, Ayelén González Montoro
Opublikowane w: The EMBO Journal, Numer 43, 2024, Strona(/y) 1870-1897, ISSN 1460-2075
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44318-024-00097-2

Optimized TMT-based quantitative cross-linking mass spectrometry strategy for large-scale interactomic studies

Autorzy: Ruwolt M., Schnirch L., Lima D.B., Nadler-Holly M., Viner R., Liu F.
Opublikowane w: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04812

Q2C: A oftware for anaging ass pectrometry acilities

Autorzy: Diogo B. Lima, Max Ruwolt, Marlon D.M. Santos, Ke Pu, Fan Liu, Paulo C. Carvalho
Opublikowane w: Journal of Proteomics, Numer 321, 2025, Strona(/y) 105511, ISSN 1874-3919
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2025.105511

Non-peer reviewed articles (1)

Integrative structural interactomics reveals protein organization and structure in a giant virus

Autorzy: Lars Mühlberg, Julia Ruta, Vasilii Mikirtumov, Raymond Burton-Smith, Kazuyoshi Murata, Mikhail Kudryashev, Kenta Okamoto, Boris Bogdanow, Fan Liu
Opublikowane w: bioRxiv, 2025, ISSN 2692-8205
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.06.16.659922