Revealing the Synapse Architecture and Plasticity by Structural Interactomics

Informazioni relative al progetto

SynLink

ID dell’accordo di sovvenzione: 949184

DOI

10.3030/949184

Progetto concluso il 31 Ottobre 2026

Data della firma CE 26 Ottobre 2020

Data di avvio 1 Gennaio 2021

Data di completamento 31 Dicembre 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 499 243,00

Contributo UE

€ 1 499 243,00

Coordinato da

FORSCHUNGSVERBUND BERLIN EV
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (18)

AIRPred: A Deep Learning Model Predictor for Peptide Intensity Ratios in Cross-Linking Mass Spectrometry Improves Cross-Link Spectrum Matching

Autori: Zehong Zhang, Mei Wu, Max Ruwolt, Ying Zhu, Pin-Lian Jiang, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 97, 2025, Pagina/e 25500-25509, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.5c03597

Integrative Molecular Dynamics Simulations Untangle Cross‐Linking Data to Unveil Mitochondrial Protein Distributions

Autori: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Pubblicato in: Angewandte Chemie International Edition, Numero 64, 2025, ISSN 1433-7851
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202417804

Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

Autori: Boris Bogdanow, Max Ruwolt, Julia Ruta, Lars Mühlberg, Cong Wang, Wen-feng Zeng, Arne Elofsson, Fan Liu
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 21, 2025, Pagina/e 90-106, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00079-w

Integrative structural interactomics reveals protein organization and structure in a giant virus

Autori: Lars Mühlberg, Julia Ruta, Vasilii Mikirtumov, Raymond Burton-Smith, Kazuyoshi Murata, Mikhail Kudryashev, Kenta Okamoto, Boris Bogdanow, Fan Liu
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 17, 2026, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-74973-2

Controlling the interaction between <scp>CaMKII</scp> and Calmodulin with a photocrosslinking unnatural amino acid

Autori: Iva Lučić, Pin‐Lian Jiang, Andreas Franz, Yuval Bursztyn, Fan Liu, Andrew J. R. Plested
Pubblicato in: Protein Science, Numero 32, 2023, ISSN 0961-8368
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4798

Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

Autori: Ying Zhu, Kerem Can Akkaya, Julia Ruta, Nanako Yokoyama, Cong Wang, Max Ruwolt, Diogo Borges Lima, Martin Lehmann, Fan Liu
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-47569-x

The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

Autori: Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu
Pubblicato in: Current Opinion in Structural Biology, Numero 2, 2023, ISSN 1879-033X
Editore: elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102648

Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

Autori: Milan Avila Clasen, Max Ruwolt, Cong Wang, Julia Ruta, Boris Bogdanow, Louise U. Kurt, Zehong Zhang, Shuai Wang, Fabio C. Gozzo, Tao Chen, Paulo C. Carvalho, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 21, 2024, Pagina/e 2327-2335, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02478-1

Optimized In‐Solution and Gas‐Phase Chemistry Enables High‐Efficiency Interactome Mapping by DSBSO‐Based Cross‐Linking Mass Spectrometry

Autori: Pin‐Lian Jiang, Ying Zhu, Jiaxin Cai, Cong Wang, Mei Wu, Ke Pu, Fan Liu
Pubblicato in: Angewandte Chemie International Edition, Numero 65, 2026, ISSN 1433-7851
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202518355

CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

Autori: Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus C Wahl; Fan Liu; Andrew JR Plested
Pubblicato in: elife, Numero 2, 2023, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.86090

A Membrane‐Permeable and Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) Enrichable Cross‐Linking Reagent to Advance In Vivo Cross‐Linking Mass Spectrometry

Autori: Pin‐Lian Jiang; Cong Wang; Anne Diehl; Rosa Viner; Chris Etienne; Premchendar Nandhikonda; Leigh Foster; Ryan D. Bomgarden; Fan Liu
Pubblicato in: Angewandte Chemie, Numero 1, 2021, ISSN 1521-3757
Editore: wiley
DOI: 10.1002/anie.202113937

Real-time library search increases cross-link identification depth across all levels of sample complexity

Autori: Ruwolt M., He Y, Lima D.B., Barshop W., Broichhagen J., Huguet R., Viner R., Liu F.
Pubblicato in: Analytical Chemistry, 2023, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05141

Integrative Molekulardynamiksimulationen entwirren cross‐linking Daten und zeigen Verteilungen von mitochondrialen Proteinen

Autori: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Pubblicato in: Angewandte Chemie, Numero 137, 2025, ISSN 0044-8249
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202417804

Molecular architecture of synaptic vesicles

Autori: Uljana Kravcenko, Max Ruwolt, Jana Kroll, Artsemi Yushkevich, Martina Zenkner, Julia Ruta, Rowaa Lotfy, Erich E. Wanker, Christian Rosenmund, Fan Liu, Mikhail Kudryashev
Pubblicato in: PNAS, 2025, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.04.11.588828

Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

Autori: Samira Klössel, Ying Zhu, Lucia Amado, Daniel D Bisinski, Julia Ruta, Fan Liu, Ayelén González Montoro
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 43, 2024, Pagina/e 1870-1897, ISSN 1460-2075
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44318-024-00097-2

Deciphering Membrane Protein Complexes in Plasmodium falciparum Gametocytes via Integrative Structural Systems Biology

Autori: Siavash Mostafavi, Valentin Maurer, Max Ruwolt, Jennifer Schwartz, Frank Stein, Korbinian Niedermüller, Tim Wolf Gilberger, Fan Liu, Carolin Seuring, Susanne Witt, Jan Kosinski, Christian Löw, Michael Filarsky
Pubblicato in: Molecular &amp; Cellular Proteomics, Numero 25, 2026, Pagina/e 101567, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2026.101567

Optimized TMT-based quantitative cross-linking mass spectrometry strategy for large-scale interactomic studies

Autori: Ruwolt M., Schnirch L., Lima D.B., Nadler-Holly M., Viner R., Liu F.
Pubblicato in: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04812

Q2C: A oftware for anaging ass pectrometry acilities

Autori: Diogo B. Lima, Max Ruwolt, Marlon D.M. Santos, Ke Pu, Fan Liu, Paulo C. Carvalho
Pubblicato in: Journal of Proteomics, Numero 321, 2025, Pagina/e 105511, ISSN 1874-3919
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2025.105511

Other (1)

Site-resolved spatial and structural interactome of a human cell

Autori: Zehong Zhang, Nanako Yokoyama, Ying Zhu, Julia Ruta, Jiale Cheng, Vini Natalia, Tolga Soykan, Volker Haucke, Fan Liu
Pubblicato in: bioRxiv, 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.09.08.749775