Revealing the Synapse Architecture and Plasticity by Structural Interactomics

Informations projet

SynLink

N° de convention de subvention: 949184

DOI

10.3030/949184

Projet clôturé le 31 Octobre 2026

Date de signature de la CE 26 Octobre 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 31 Decembre 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 243,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 243,00

Coordonné par

FORSCHUNGSVERBUND BERLIN EV
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (18)

AIRPred: A Deep Learning Model Predictor for Peptide Intensity Ratios in Cross-Linking Mass Spectrometry Improves Cross-Link Spectrum Matching

Auteurs: Zehong Zhang, Mei Wu, Max Ruwolt, Ying Zhu, Pin-Lian Jiang, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 97, 2025, Page(s) 25500-25509, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.5c03597

Integrative Molecular Dynamics Simulations Untangle Cross‐Linking Data to Unveil Mitochondrial Protein Distributions

Auteurs: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 64, 2025, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202417804

Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

Auteurs: Boris Bogdanow, Max Ruwolt, Julia Ruta, Lars Mühlberg, Cong Wang, Wen-feng Zeng, Arne Elofsson, Fan Liu
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 21, 2025, Page(s) 90-106, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00079-w

Integrative structural interactomics reveals protein organization and structure in a giant virus

Auteurs: Lars Mühlberg, Julia Ruta, Vasilii Mikirtumov, Raymond Burton-Smith, Kazuyoshi Murata, Mikhail Kudryashev, Kenta Okamoto, Boris Bogdanow, Fan Liu
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-026-74973-2

Controlling the interaction between <scp>CaMKII</scp> and Calmodulin with a photocrosslinking unnatural amino acid

Auteurs: Iva Lučić, Pin‐Lian Jiang, Andreas Franz, Yuval Bursztyn, Fan Liu, Andrew J. R. Plested
Publié dans: Protein Science, Numéro 32, 2023, ISSN 0961-8368
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4798

Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

Auteurs: Ying Zhu, Kerem Can Akkaya, Julia Ruta, Nanako Yokoyama, Cong Wang, Max Ruwolt, Diogo Borges Lima, Martin Lehmann, Fan Liu
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-47569-x

The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

Auteurs: Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 2, 2023, ISSN 1879-033X
Éditeur: elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102648

Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

Auteurs: Milan Avila Clasen, Max Ruwolt, Cong Wang, Julia Ruta, Boris Bogdanow, Louise U. Kurt, Zehong Zhang, Shuai Wang, Fabio C. Gozzo, Tao Chen, Paulo C. Carvalho, Diogo Borges Lima, Fan Liu
Publié dans: Nature Methods, Numéro 21, 2024, Page(s) 2327-2335, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02478-1

Optimized In‐Solution and Gas‐Phase Chemistry Enables High‐Efficiency Interactome Mapping by DSBSO‐Based Cross‐Linking Mass Spectrometry

Auteurs: Pin‐Lian Jiang, Ying Zhu, Jiaxin Cai, Cong Wang, Mei Wu, Ke Pu, Fan Liu
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 65, 2026, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202518355

CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

Auteurs: Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus C Wahl; Fan Liu; Andrew JR Plested
Publié dans: elife, Numéro 2, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.86090

A Membrane‐Permeable and Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) Enrichable Cross‐Linking Reagent to Advance In Vivo Cross‐Linking Mass Spectrometry

Auteurs: Pin‐Lian Jiang; Cong Wang; Anne Diehl; Rosa Viner; Chris Etienne; Premchendar Nandhikonda; Leigh Foster; Ryan D. Bomgarden; Fan Liu
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 1, 2021, ISSN 1521-3757
Éditeur: wiley
DOI: 10.1002/anie.202113937

Real-time library search increases cross-link identification depth across all levels of sample complexity

Auteurs: Ruwolt M., He Y, Lima D.B., Barshop W., Broichhagen J., Huguet R., Viner R., Liu F.
Publié dans: Analytical Chemistry, 2023, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05141

Integrative Molekulardynamiksimulationen entwirren cross‐linking Daten und zeigen Verteilungen von mitochondrialen Proteinen

Auteurs: Fabian Schuhmann, Kerem Can Akkaya, Dmytro Puchkov, Svea Hohensee, Martin Lehmann, Fan Liu, Weria Pezeshkian
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 137, 2025, ISSN 0044-8249
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202417804

Molecular architecture of synaptic vesicles

Auteurs: Uljana Kravcenko, Max Ruwolt, Jana Kroll, Artsemi Yushkevich, Martina Zenkner, Julia Ruta, Rowaa Lotfy, Erich E. Wanker, Christian Rosenmund, Fan Liu, Mikhail Kudryashev
Publié dans: PNAS, 2025, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.04.11.588828

Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

Auteurs: Samira Klössel, Ying Zhu, Lucia Amado, Daniel D Bisinski, Julia Ruta, Fan Liu, Ayelén González Montoro
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 43, 2024, Page(s) 1870-1897, ISSN 1460-2075
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44318-024-00097-2

Deciphering Membrane Protein Complexes in Plasmodium falciparum Gametocytes via Integrative Structural Systems Biology

Auteurs: Siavash Mostafavi, Valentin Maurer, Max Ruwolt, Jennifer Schwartz, Frank Stein, Korbinian Niedermüller, Tim Wolf Gilberger, Fan Liu, Carolin Seuring, Susanne Witt, Jan Kosinski, Christian Löw, Michael Filarsky
Publié dans: Molecular &amp; Cellular Proteomics, Numéro 25, 2026, Page(s) 101567, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2026.101567

Optimized TMT-based quantitative cross-linking mass spectrometry strategy for large-scale interactomic studies

Auteurs: Ruwolt M., Schnirch L., Lima D.B., Nadler-Holly M., Viner R., Liu F.
Publié dans: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04812

Q2C: A oftware for anaging ass pectrometry acilities

Auteurs: Diogo B. Lima, Max Ruwolt, Marlon D.M. Santos, Ke Pu, Fan Liu, Paulo C. Carvalho
Publié dans: Journal of Proteomics, Numéro 321, 2025, Page(s) 105511, ISSN 1874-3919
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2025.105511

Other (1)

Site-resolved spatial and structural interactome of a human cell

Auteurs: Zehong Zhang, Nanako Yokoyama, Ying Zhu, Julia Ruta, Jiale Cheng, Vini Natalia, Tolga Soykan, Volker Haucke, Fan Liu
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.09.08.749775