Descripción del proyecto
Identificación de silenciadores en el genoma humano
Gran parte del genoma humano contiene elementos reguladores, como promotores, potenciadores y aislantes, que controlan la expresión espaciotemporal de los genes codificadores de proteínas. El proyecto Silencer, financiado con fondos europeos, se centrará en la investigación de los silenciadores, unos elementos reguladores que reprimen la transcripción de genes y que han sido muy poco estudiados. Los investigadores adoptarán un nuevo método para identificar elementos silenciadores funcionales de forma imparcial junto con sus modificaciones epigenéticas y motivos de secuencia. Los resultados del proyecto permitirán desvelar nuevas vías biológicas reguladas por los silenciadores, así como la implicación de estos elementos reguladores en diversas enfermedades.
Objetivo
Less than 1.5% of the human genome contains protein coding information of the estimated 25,000 genes. The rest of the non-coding genome includes many regulatory elements that control the spatial and temporal transcription of genes. With the help of the non-coding regulatory elements, the diverse cell types and tissues of a complex human body could be derived from the combinational expression of a limited number of genes from the same copy of the genome. Most regulatory elements (REs) have been characterized extensively, e.g. promoters, enhancers and insulators. These REs have been implicated to play very important roles in cell physiology, tissue development and disease onsets. Surprisingly, one class of REs—silencers—which repress the transcription of genes, have not been systematically characterized and studied. I have developed a lentiviral system to systematically identify functional silencer elements. In the small-scale proof-of-principle experiments, by focusing on the transcriptional factor (TF) accessible DNA sequences, I showed that this system is robust to identify novel and bona fide silencers, which could be validated using complementary functional assays such as luciferase and CRISPR knockout assays. In this proposed research plan, I aim to identify silencers in an unbiased way, rather than focusing on TF accessible regions, to have a more general understanding of the biology of silencers. Based on the unbiased identification of silencers, I aim to identify a general pattern of epigenetic modifications of silencers, unique combination of sequence motifs, responsible regulatory TFs, biological pathways that are regulated by silencers, diseases that might be related to mutations in silencers, and finally better manipulation strategies of silencers.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
ERC-STG - Starting GrantInstitución de acogida
2333 ZA Leiden
Países Bajos