Ziel
Phospholipase A2 is a member of an important class of lipid degrading enzymes. To design relevant mutants of possible industrial significance and inhibitors of pharmaceutical use it is necessary to understand the molecular basis of the function of the enzyme. One interesting aspect of the activity of these enzymes is much higher activity for phospholipids in aggregates such as micelles and monolayers than for single phospholipid molecules in water.
The general objective of this project is to understand how phospholipase A2 binds monomeric phospholipids and develop computational tools for targeting the most effective amino acids to substitute to modify molecular properties.
Simulation of a phospholipase A2 monomeric substrate complex:
Molecular simulation of a modelled phospholipase, calcium and phospholipid complex in water suggested that the substrate is located by relatively few directional interactions. These are primarily the interaction of 1 phosphate oxygen and the carbonyl oxygen of the cleaved bond with the calcium ion. The role of tyrosine 69 in further orientating the substrate, by hydrogen bonding and other phosphate oxygen, is suggested by the modelling but does not persist during the 48 ps simulation. This interaction may be more important when aggregated substrate are bound to the enzyme. The water molecule that is the proposed nucleophile is present during the simulation although it approaches the calcium ion.
Charge engineering:
The effect of mutating an uncharged nitrogen-terminal alpha helix capping residue to a charged residue (N89D) has been investigated. The residue was not less stable than expected (the stabilities of 2 other mutants were as expected). Finite difference calculations on this mutant indicate the large, compensating differences in interaction energies that yield the relatively small overall change in stability of this mutant. Hence a small error in the individual components give a large error in the overall stability. The activity of the double mutant N89D/E92K is low and suggests that residue 92 is important in interacting with aggregated substrate either directly or possibly via calcium.
A reasonable understanding of how phospholipase A2 binds monomeric substrates has been obtained. This understanding is being exploited in engineering phopholipases A2 with modified specificities. Simple electrostatic calculations have been fairly successful in predicting the change in stability of proteins due to charge engineering. Improved calculations indicate large compensating interaction energies for the mutant that did not behave as expected. The activity of a double mutant N89D/E92K is low and suggests that residue 92 is important in interacting with aggregated substrates either directly or possibly via calcium. An understanding of the dynamic behaviour of monolayers of phospholipids has also developed. The monolayers are intrinsically more flexible than bilayers. Explicit description of the water appears to be essential to describe the behaviour of amphiphile monolayers. Simulation of the monolayer-phospholipase complex is now in progress.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften anorganische Chemie Erdalkalimetalle
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Lipide
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften organische Chemie Amine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Enzym
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Daten nicht verfügbar
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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Koordinator
RG2 9AT Reading
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.