Obiettivo
Research objectives and content
The objective of my research project is the directed evolution of an alpha/beta-barrel protein to create a new catalytic activity on the existing scaffold. The aim then is to characterise both the intermediate and the final proteins identified during the directed evolution process using both functional and structural probes. This will give a unique insight at a molecular level into the way a protein evolves in response to a selective pressure, and into how the changes in function correlate with changes in structure.
The project will involve creation and expression of libraries of the alpha/beta-barrel protein indoleglycerolphosphate synthase in appropriate strains of E. coli. Mutation of the cloned wild-type gene in both a targeted and random manner will be followed by selection for the ability to complement suitable auxotrophic strains of E. coli. Iteration of this process in combination with 'DNA shuffling' will be used to identify new variants with improved activity. Selected proteins isolated will be over-expressed, purified and used for crystallisation experiments. If crystals are obtained, I will undertake to solve the structures by x-ray crystallography; this should be greatly simplified by use of molecular replacement methods since the wild-type structure has been solved previously at high resolution.
Training content (objective, benefit and expected impact)
My project will be part of a research programme for a postgraduate degree from Cambridge University, and it will provide advanced scientific training for a career in molecular and structural biology. My project will be co-supervised by two members of the academic staff in the Biochemistry Department and I will benefit greatly from the environment since I will join two experienced research groups. These groups will between them provide access to facilities for molecular biology, display technologies, enzymology, preparative biochemistry, computation and x-ray data collection, and I will gain experience in each of these. The research groups will also provide specialised reagents needed for my project. Links with industry / industrial relevance (22)
At the onset, there are no industrial links, but the results will quite possibly have application in a rational and generic approach to the design of novel enzymes. This would be of potential significance in both the pharmaceuticals industry and directly in medicine. Proteins with novel catalytic activities might be used in the synthesis of new drugs or, in vivo, for intracellular hydrolysis of prodrugs, thus increasing the specificity of such therapy. In an extracellular environment, enzymes with modified activities could be used in diagnostics and even to intervene with accessible disease states.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze mediche e della salute medicina di base farmacologia e farmacia farmaci
- scienze naturali scienze della terra e scienze ambientali connesse geologia mineralogia cristallografia
- scienze naturali scienze biologiche genetica mutazione
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
- scienze naturali scienze biologiche biologia molecolare biologia strutturale
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
CB2 2QR Cambridge
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.