Obiettivo
Sequencing of bacterial genomes has created both a challenge and an opportunity for bioinformatics. It is a challenge because the genome sequencing rate exceeds the capacity of manual annotation, and it is an opportunity because it allows one to use comparative techniques for genome annotation, and to study function and evolution of metabolic pathways and regulatory systems and, eventually, complete genomes. The main technical objectives of this project are development and integration of methods for functional annotation of genomes, including gene recognition, functional annotation of genes, identification of regulatory signals; comparative approaches to metabolic reconstruction; tools for genome alignment and synteny analysis, and application of the developed software for analysis of concrete genomes. The fundamental research will be directed towards evolution of genomes, metabolic pathways and regulatory systems, with particular attention on: metabolic systems subject to complex regulation by multiple interacting systems; taxon-specific regulation and microevolution of regulons and regulatory sites; and structural properties and evolution of regulatory protein-DNA interactions. We will also continue manual analysis of selected metabolic pathways and regulatory systems, leading to annotation of new protein functions and identification of regulatory signals, with special attention towards prediction of transporter specificity. We will attempt to formulate models of evolution of regulatory sites, regulons (sets of co-regulated genes) and regulatory systems. The proposed research combines main aspects of contemporary bioinformatics, from application of probability theory to algorithm development, software implementation, and analysis of real data, and from genome sequence analysis to structural studies. All teams have strong background in bioinformatics and, in particular, in comparative genomics. The consortium members collaborate since 1999. In 2000-2002 several teams collaborated in the INTAS project 99-1476, and the developed methods and algorithms will be used as research tools in the present project. The research program requires tight integration between the participating teams. The created software will be immediately used for genome analysis, and the provided users' feedback will be taken into account in subsequent releases. Analysis of metabolic and regulatory systems will create data for large-scale functional, structural, and evolutionary studies. Conversely, understanding of general principles of metabolic and regulatory evolution will lead to creation of better tools for functional annotation. Thus the proposed project will result both in development of tools for genome analysis and, specifically, prediction of bacterial phenotype (metabolic capabilities, regulation, response to stress and external stimuli) from genomic data, and deeper understanding of all aspects of genome structure, function and evolution.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Dati non disponibili
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Dati non disponibili
Coordinatore
FREISING
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.