Cel
Sequencing of bacterial genomes has created both a challenge and an opportunity for bioinformatics. It is a challenge because the genome sequencing rate exceeds the capacity of manual annotation, and it is an opportunity because it allows one to use comparative techniques for genome annotation, and to study function and evolution of metabolic pathways and regulatory systems and, eventually, complete genomes. The main technical objectives of this project are development and integration of methods for functional annotation of genomes, including gene recognition, functional annotation of genes, identification of regulatory signals; comparative approaches to metabolic reconstruction; tools for genome alignment and synteny analysis, and application of the developed software for analysis of concrete genomes. The fundamental research will be directed towards evolution of genomes, metabolic pathways and regulatory systems, with particular attention on: metabolic systems subject to complex regulation by multiple interacting systems; taxon-specific regulation and microevolution of regulons and regulatory sites; and structural properties and evolution of regulatory protein-DNA interactions. We will also continue manual analysis of selected metabolic pathways and regulatory systems, leading to annotation of new protein functions and identification of regulatory signals, with special attention towards prediction of transporter specificity. We will attempt to formulate models of evolution of regulatory sites, regulons (sets of co-regulated genes) and regulatory systems. The proposed research combines main aspects of contemporary bioinformatics, from application of probability theory to algorithm development, software implementation, and analysis of real data, and from genome sequence analysis to structural studies. All teams have strong background in bioinformatics and, in particular, in comparative genomics. The consortium members collaborate since 1999. In 2000-2002 several teams collaborated in the INTAS project 99-1476, and the developed methods and algorithms will be used as research tools in the present project. The research program requires tight integration between the participating teams. The created software will be immediately used for genome analysis, and the provided users' feedback will be taken into account in subsequent releases. Analysis of metabolic and regulatory systems will create data for large-scale functional, structural, and evolutionary studies. Conversely, understanding of general principles of metabolic and regulatory evolution will lead to creation of better tools for functional annotation. Thus the proposed project will result both in development of tools for genome analysis and, specifically, prediction of bacterial phenotype (metabolic capabilities, regulation, response to stress and external stimuli) from genomic data, and deeper understanding of all aspects of genome structure, function and evolution.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Projekt nie został jeszcze sklasyfikowany według klasyfikacji EuroSciVoc.
Wskaż dziedziny nauki, które twoim zdaniem są najbardziej istotne z punktu widzenia tego projektu i pomóż nam usprawnić naszą usługę klasyfikacji.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Brak dostępnych danych
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Brak dostępnych danych
Koordynator
FREISING
Niemcy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.