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User-driven Development of Statistical Methods for Experimental Planning, Data Gathering, and Integrative Analysis of Next Generation Sequencing, Proteomics and Metabolomics data

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Un logiciel et des méthodes statistiques innovantes pour mieux exploiter les techniques génomiques

Pour les recherches en génomique, les scientifiques doivent surmonter certaines difficultés en méthodologie et en bioinformatique. Un projet de l'UE a conçu de nouveaux outils logiciels et méthodes statistiques, pour tirer au mieux parti de ces techniques de génomique.

Économie numérique

Des récents développements dans le séquençage de l'ADN ont motivé des recherches en statistiques afin d'optimiser le rapport de certains types de données. Cependant, il existe un décalage entre les outils actuels d'analyse statistique de types uniques de données, et les approches multiples utilisés par les scientifiques en médecine pour étudier plusieurs types de données d'omique. Il faut donc inventer des ressources bioinformatiqies pour gérer et intégrer divers types de données. Le projet STATEGRA (User-driven development of statistical methods for experimental planning, data gathering, and integrative analysis of next generation sequencing, proteomics and metabolomics data), financé par l'UE, a mis au point des méthodes et des outils statistiques pour collecter et intégrer diverses données d'omique et de séquençage de nouvelle génération. Les partenaires de STATEGRA ont créé un ensemble de données de comparaison, dans lequel sept types de données d'omique sont obtenus via des expériences contrôlées. Ces données ont servi à évaluer et valider les méthodes du projet. Les chercheurs ont conçu des méthodes intégratives utilisant diverses stratégies d'analyse, et développé des outils pratiques, intégrant ces méthodes et accessibles par le Web. L'équipe de STATEGRA a largement diffusé ses outils auprès des chercheurs en génomique et sciences de la vie, et présenté ses résultats lors de six conférences internationales. Elle a également rédigé une cinquantaine d'articles, dont la moitié a déjà été publiée dans de grandes revues de médecine et de statistiques en biologie. Le projet a organisé trois ateliers, plusieurs formations et une université d'été. Il a aussi organisé en 2014 une conférence regroupant les chercheurs en analyse de données d'omique, reconduite l'année suivante. Il compte la transformer en une rencontre dédiée à la recherche sur l'analyse des données d'omique. Le projet STATEGRA a proposé un ensemble de ressources en bioinformatique, utilisables en génomique pour mieux intégrer et comprendre les expériences incluant diverses mesures de données d'omique. À terme, ces logiciels commodes, soutenant la recherche de pointe en génomique et en intégration des données, amélioreront la recherche médicale et combleront l'écart entre la production de données et les connaissances.

Mots‑clés

Génomique, séquençage de nouvelle génération, données d'omique, STATEGRA, méthodes statistiques

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