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Genomics data mining for the genetic analysis of populations of the Dutch elm disease (DED) fungi (Ophiostoma ulmi and O. novo-ulmi)

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Herramientas para identificar la diversidad genética

En el marco de un estudio europeo se ha investigado la existencia de diversidad genética en el hongo patógeno Ophiostoma, causante de la grafiosis.

Este hongo se introdujo involuntariamente en Europa. La existencia de especies interfértiles de Ophiostoma e híbridos interespecies es motivo de preocupación, ya que podrían dar lugar a nuevas cepas patogénicas por flujo genético. El proyecto GENODED, financiado con fondos comunitarios, se puso en marcha para identificar nuevos marcadores moleculares que permitiesen trazar el mapa evolutivo de las poblaciones patogénicas de Ophiostoma. A tales efectos, se estudió el genoma del hongo causante de la grafiosis en busca de repeticiones de secuencias simples o microsatélites, esto es, pequeños fragmentos de ADN empleados para definir la huella genética, y sus polimorfismos. Se desarrollaron ensayos específicos de reacción en cadena de la polimerasa para varias de dichas repeticiones, los cuales se emplearon posteriormente para caracterizar cepas aisladas del hongo procedentes de distintos puntos de la Península Ibérica. Además de los microsatélites neutrales, también se emplearon como marcadores los genes responsables de la patogenicidad. A la luz de los resultados, en la mayoría de las ubicaciones existía una relación entre los distintos genotipos de Ophiostoma y el grado de virulencia. Dicha variabilidad se atribuyó a la reproducción sexual, ya que se demostró que las esporas sexuales eran la principal vía de contagio entre olmos. Asimismo, se identificaron polimorfismos específicos asociados a la tolerancia térmica. Por otra parte, se indagó en la contribución de los transposones a la diversidad genética, especialmente en el caso de los polimorfismos generados en poblaciones resultantes de la propagación asexual mediante transposición de tales elementos en el genoma. Los análisis emprendidos por el equipo de GENODED aportaron nuevas claves sobre el grado de flujo genético e hibridación existente en las poblaciones de Ophiostoma. Esta información sienta las bases para nuevos estudios sobre los mecanismos evolutivos que definen las poblaciones del hongo responsable de la grafiosis.

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