Narzędzia do badania różnorodności genetycznej
Grzyby Ophiostoma zostały sprowadzone do Europy przez przypadek. Krzyżowanie się między sobą różnych szczepów Ophiostoma i hybrydy międzygatunkowe stwarzają zagrożenie powstania jeszcze bardziej patogennych szczepów z powodu dryfu genetycznego. Celem finansowanego przez UE projektu GENODED jest odkrycie nowych markerów molekularnych do badania ewolucji populacji patogennych grzybów Ophiostoma. W tym celu zbadano genom patogenu wywołującego holenderską chorobę wiązu w poszukiwaniu prostych sekwencji powtórzonych lub mikrosatelitarnych — niewielkich obszarów DNA, stanowiących genetyczne odciski palców — oraz ich polimorfizmów. Opracowano swoiste oznaczenie korzystające z reakcji łańcuchowej polimerazy, aby stworzyć bank tych powtórzeń. Charakteryzowano następnie izolaty grzybów z różnych stanowisk na Półwyspie Iberyjskim. Oprócz neutralnych mikrosatelitów korzystano też z genów patogenności jako markerów. Wyniki wskazują, że na większości stanowisk różnice w genotypie Ophiostoma korelowały z różnymi poziomami patogenności. Zaobserwowaną różnorodność uznano za skutek rozmnażania płciowego, zważywszy że spory, służące do takiego rozmnażania, okazały się głównym mechanizmem roznoszenia grzybów pomiędzy wiązami. Wykryto też specyficzne polimorfizmy związane z tolerancją temperaturową. Ponadto badano znaczenie mobilnych elementów genetycznych dla obserwowanej różnorodności genetycznej. Miało to zastosowanie głównie w przypadku polimorfizmów wytworzonych w populacjach rozprzestrzeniających się bezpłciowo, w których ma miejsce transpozycja takich elementów w obrębie genomu. Analizy prowadzone w projekcie GENODED pogłębiły naszą wiedzę na temat poziomu dryfu genetycznego i hybrydyzacji w populacjach grzybów Ophiostoma. Te dane mogłyby stanowić podstawę do przyszłych badań nad mechanizmami ewolucyjnymi, które kształtują populację patogenu holenderskiej choroby wiązów.
