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Genomics data mining for the genetic analysis of populations of the Dutch elm disease (DED) fungi (Ophiostoma ulmi and O. novo-ulmi)

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Des outils pour identifier la diversité génétique

Une étude européenne a examiné l'existence de la diversité génétique dans le pathogène fongique Ophiostoma, responsable de la graphiose (ou maladie hollandaise de l'orme).

Santé

L'espèce Ophiostoma a été accidentellement introduite en Europe. L'existence d'espèces Ophiostoma interfertiles et d'hybrides interspécifiques serait responsable de l'augmentation des souches pathogéniques dans le flux génétique. Financé par l'UE, le projet GENODED vise à identifier de nouveaux marqueurs génétiques pour étudier l'évolution des populations d'Ophiostoma. Dans cette optique, le génome du champignon de la graphiose a été examiné à la recherche de répétitions de séquences simples, ou des microsatellites, à savoir de petites bandes d'ADN utilisées pour les empreintes digitales, et leurs polymorphismes. Des essais de réactions en chaîne à la polymérase spécifiques ont été développés pour établir un réseau de ces répétitions. Ces dernières ont été utilisées par la suite pour caractériser les isolats fongiques provenant de différents sites de la Péninsule ibérique. En plus de ces microsatellites neutres, les gènes de pathogénicité ont également été utilisés comme marqueurs. Les résultats ont indiqué que dans de nombreux sites, les différents génotypes d'Ophiostoma étaient en corrélation avec les différents degrés d'agressivité. La variabilité observée a été attribuée à la reproduction sexuelle étant donné que des spores sexuelles seraient le principal mécanisme de dispersion entre les ormes. Des polymorphismes spécifiques associés à une tolérance aux températures ont également été détectés. De plus, la contribution d'éléments transposables à la diversité génétique observée a été examinée. Cela a été appliqué principalement aux polymorphismes générés dans les populations reproduites asexuellement par la transposition de ces éléments dans le génome. Les analyses GENODED ont fourni des indications sur les taux de flux génétique et l'hybridation entre les populations d'Ophiostoma. Ces informations pourraient former la base de futures études sur les mécanismes d'évolution influençant les populations du champignon de la graphiose.

Mots‑clés

Graphiose de l'orme, Ophiostoma, diversité génétique, reproduction sexuelle

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