La biodiversité des amibes dans le sol
Ce sont des amibes qui vivent dans le sol et forment des corps multicellulaires. Ce groupe D est étudié depuis plus de 200 ans et comprend le modèle biologique expérimental le plus répandu, le Dictyostelium discoideum. Les précédentes tentatives de création d'une phylogénie moléculaire des dictyostélides ont révélé la taxonomie traditionnelle très imparfaite de ce groupe et les théories de l'évolution erronées s'appuyant sur celle-ci. Le projet DYCTITOL («Evolution of form and function on a unique eukaryotic organism (Dictyostelia)»), financé par l'UE, vise à caractériser la biodiversité du groupe D ainsi que son évolution morphologique et moléculaire.Durant le projet, une phylogénie pour le groupe D a été entièrement développée et élargie pour inclure 50 nouveaux et récents extraits du monde entier. Les chercheurs ont apporté une contribution bénéfique à l'étude de la diversité et de la taxonomie du groupe D en créant de nouveaux modèles morphologiques.L'autre résultat important du projet a concerné le développement de techniques moléculaires d'échantillonnage environnemental pour étudier les dictyostélides. Une bonne spécificité et sensibilité a été obtenue dans l'échantillonnage en appliquant une réaction en chaîne par polymérase (PCR), une technique moderne de biologie moléculaire. Le vaste ensemble d'échantillons a été testé et les premières analyses ont montré de nouvelles branches profondes dans toutes les grandes divisions du groupe D, certains d'entre eux représentant de nouvelles grandes divisions. Ceci a confirmé qu'une proportion substantielle de la diversité du groupe D reste à découvrir. Les résultats ont également suggéré que la disponibilité de l'eau et la richesse des espèces végétales pourraient indirectement faciliter la diversité du groupe D, via leur proie, les bactéries. L'approche PCR a permis pour la première fois d'examiner ces questions à grande échelle.Le projet a fourni en tout dix publications et cinq présentations lors de rencontres scientifiques dans cinq pays.Le programme DYCTITOL représente la première étude exhaustive des microorganismes eukaryotiques. Il a caractérisé avec succès la biodiversité, l'évolution morphologique et moléculaire des dictyostélides, qui seront indispensables pour étudier ensuite leur rôle dans l'écologie, et dans le sol en particulier.
