La chronologie essentielle de l'expression génétique
Dans le duel entre l'expression génétique ou l'inhibition, les facteurs de transcription (FT) sont essentiels. Par une liaison à certaines régions de l'ADN, ils contrôlent la transcription des informations génétiques de l'ADN à l'ARN. Les FT utilisent des points d'accrochage d'ADN non-codants appelés les modules cis-régulateurs (CRM) pour lancer les taux de régulation de l'expression génétique. Un problème que l'on rencontre lorsque l'on travaille avec des CRM est qu'ils ont tendance à varier selon la composition des séquences. Bien que cela n'affecte pas leur rôle dans la cellule, cela interfère avec l'identification des séquences de CRM. Déchiffrer ses codes permettra l'identification de nouvelles cibles médicamenteuses pour moduler l'expression d'ADN. Le projet CISREGLOGIC a développé des outils computationnels pour identifier les CRM orthologues, à savoir des séquences dérivées d'un ancêtre commun. Une méthode ingénieuse a permis d'écarter les séquences désirées. Deux parents distants de la classe de l'ascidie ont été soumis à une empreinte phylogénétique. Ces espèces étaient suffisamment éloignées pour identifier les CRM sur la base de l'alignement non-codant. Le logiciel a ensuite identifié des CRM candidats pour certains gènes pour chaque espèce et leur position approximative dans le génome. Pour identifier les sites de liaison des FT, un nouveau système de notation d'affinité a été utilisé. Les chercheurs ont également conçu une méthode pour éliminer les sites de liaison qui enregistrent une liaison de FT moins significative. Les outils ont identifié des paires de CRM qui pourraient être orthologues. Les chercheurs ont montré que les clusters de sites de liaison similaires sont communs aux deux espèces dans les régions de gènes de régulation précoce. De plus, ces clusters de sites de liaison similaires sont associés aux gènes de fonction similaire. Les données génomiques du projet CISREGLOGIC ont fourni une base de connaissances pour des recherches supplémentaires. La transposition des résultats en produits pharmaceutiques pourrait entraîner la modulation de la régulation de l'expression génétique qui prédispose à une variété de maladies.
Mots‑clés
Activation génétique, facteur de transcription, module cis-régulateur, expression d'ADN, cible médicamenteuse, maladie
