Étudier l'évitement de l'ombre chez les plantes
On sait que les plantes changent de type de croissance en présence d'ombre. Le phénomène est nommé syndrome d'évitement de l'ombre. Cependant, il n'a guère été étudié chez les plantes adultes, et de nombreuses questions restent en suspens quant à son contrôle moléculaire et génétique. Le projet SAS-ARABIDOPSIS-GWA, financé par l'UE, visait à combler ces lacunes en mettant au point un système complexe d'imagerie à haut débit et de collecte des données, pour étudier le syndrome chez Arabidopsis thaliana. Associés à des analyses génétiques, ces travaux devaient apporter de nouvelles données sur les changements physiques et génétiques chez les plantes adultes soumises à un éclairement insuffisant. Le projet a commencé par définir le système d'imagerie et le traitement des données. Il a fallu pour cela mettre au point des protocoles standardisés de croissance, développer le logiciel pour convertir les images 2D en points en 3D, et enregistrer les résultats dans une base de données. Avec ce système, les chercheurs ont fait pousser et caractérisé près de 200 plantes. En parallèle, ils ont collecté des données génétiques sur chaque plante, dans le cadre d'une étude d'association à l'échelle du génome, pour étudier les caractères physiques et génétiques. Les premiers résultats ont montré que les gènes impliqués dans le syndrome chez des plantes jeunes avaient d'autres rôles chez les plantes adultes. Le projet a identifié plusieurs nouveaux gènes impliqués dans le syndrome, qui seront étudié plus tard. Le système d'imagerie mis au point est très précis, et convient pour étudier une large gamme de questions concernant la physiologie des plantes. L'ensemble des résultats du projet SAS-ARABIDOPSIS-GWA aura un impact majeur sur la compréhension du développement des plantes.