La description de la transmission virale entre espèces
Le projet C THE LIGER a étudié comment ces gamma-rétrovirus se transmettent d'une espèce à l'autre en utilisant la génomique, la bio-informatique et l'évolution moléculaire virale. Les activités de formations visant à améliorer les compétences de recherche comprenaient les domaines de l'évolution molécules des RVE, l'exploration de données, la bioinformatique, les analyses génomiques, la programmation de logiciel et les statistiques avancées. Pour commencer, les membres du projet ont établi deux bibliothèques de référence en utilisant des séquences de GenBank. L'une était une banque de séquences pol d'où provenaient toutes les familles d'espèces ERV et XRV (RV exogènes). L'autre, une bibliothèque génomique complète comprenant toutes les familles de classe I et les gamma-rétrovirus, a été utilisée pour construire des alignements. Les séquences pol sont les éléments les plus conservés des génomes et ont donc été retenues pour l'exploration de données. Tous les RVE ont été localisés à partir de génomes de mammifères disponibles et ont été utilisés pour optimiser les algorithmes d'exploration de données. C THE LIGER a conçu des algorithmes pour mesurer l'intégrité génétique, répliquer les techniques, les suppressions communes et la fonctionnalité du gène de l'enveloppe dans les éléments de RVE de classe I. L'algorithme visant à mesurer la transmission entre espèces se basait sur une approche appelée la parcimonie maximale. Les constatations du projet ont généré quatre publications. Les données et les algorithmes produits au cours du projet s'avéreront nécessaires dans les prochains efforts de recherche dans ce domaine. Décrire la capacité des virus à franchir la barrière des espèces permettrait de comprendre les transmissions de virus zoonotique et de concevoir des mesures de prévention.
Mots‑clés
Rétrovirus endogène, génome, gamma-rétrovirus, bio-informatique, rétrovirus exogène, transcriptase inverse, exploration de données, algorithmes, parcimonie maximale
