Beschreibung der viralen Überschreitung der Artengrenze
Das Projekt "C THE LIGER" untersuchte wie Gammaretroviren die Artengrenzen überwinden und verwendete dazu Methoden aus der Genomik, Bioinformatik und viralen molekularen Evolution. und organisierte Fortbildungsmaßnahmen zur Erweiterung von Forschungskompetenzen in molekularer Evolution von ERV, Data-Mining, Bioinformatik, Genomanalyse, Software-Programmierung und erweiterter Statistik. Zunächst erstellten die Projektmitglieder mit der "GenBank" zwei Referenzbibliotheken, zum einen eine partielle Referenzbibliothek mit pol-Sequenzen aus allen verfügbaren ERV-Familien und XRV-Spezies (exogene RV). Die andere war eine vollständige Genombibliothek aller verfügbaren Gammaretroviren und Klasse-I-Familien für die Angleichung. Da pol-Sequenzen die am stärksten konservierten Abschnitte im Genom sind, eignen sie sich für das Data-Mining. Alle in Frage kommenden ERV wurden in verfügbaren Säugergenomen lokalisiert, um Data-Mining-Algorithmen zu optimieren. C THE LIGER entwickelte Algorithmen zur Ermittlung der genetischen Integrität, Replikation, gemeinsamer Deletionen und Funktionalität des Envelope-Gens bei Klasse I-ERV-Elementen. Besonders interessant ist in diesem Zusammenhang ein Algorithmus, mit dem die Artüberschreitung ermittelt werden kann (Maximum Parsimony. Die Projektergebnisse wurden in vier Fachbeiträgen vorgestellt, und die entwickelten Daten und Algorithmen werden für künftige Forschungsvorhaben zu diesem Thema von großer Bedeutung sein. Durch die Beschreibung der Fähigkeit der Viren, die Artengrenze zu überschreiten könnte es gelingen, zoonotische virale Übertragungen zu verstehen und präventive Maßnahmen zu entwerfen.
