Descrizione della trasmissione virale interspecie
Utilizzando studi di genomica, bioinformatica ed evoluzione molecolare virale, il progetto C THE LIGER ha esaminato il modo in cui i gammaretrovirus si trasmettono tra specie diverse. Le attività di formazione volte a migliorare le competenze di ricerca hanno riguardato aree dell’evoluzione molecolare degli ERV, data-mining, bioinformatica, analisi del genoma, programmazione software e statistica avanzata. Prima di tutto, i componenti del progetto hanno creato due librerie di riferimento utilizzando sequenze della GenBank. La prima, una libreria di sequenze pol di tutte le famiglie ERV e le specie XRV (RV esogeni) disponibili. La seconda, una libreria completa del genoma di tutti i gammaretrovirus e delle famiglie di classe I disponibili, utilizzata per creare gli allineamenti. Le attività di data-mining sono state condotte sulle sequenze di pol, poiché costituiscono la parte più conservata dei genomi. Tutti i possibili ERV dei genomi dei mammiferi disponibili sono stati individuati e impiegati per ottimizzare gli algoritmi di data-mining. Il team C THE LIGER ha elaborato gli algoritmi necessari per misurare l’integrità genetica, le tecniche di replicazione, le eliminazioni condivise e la funzionalità del gene envelope degli elementi ERV di classe I. Degno di nota è l’algoritmo che permette di misurare la trasmissione tra specie diverse in base all’approccio della massima parsimonia. I risultati del progetto sono stati presentati in quattro pubblicazioni. I dati e gli algoritmi creati durante l’attività svolta dal team saranno utili per le future attività di ricerca in questo settore. La descrizione della capacità dei virus di oltrepassare le barriere delle specie potrebbe eventualmente contribuire a comprendere le trasmissioni virali zoonotiche e progettare misure preventire.
Parole chiave
Retrovirus endogeno, genoma, gammaretrovirus, bioinformatica, retrovirus esogeno, trascrittasi inversa, data-mining, algoritmi, massima parsimonia