Opis międzygatunkowego przenoszenia się wirusów
W projekcie C THE LIGER, korzystając z metod genomiki, bioinformatyki i ewolucjonizmu molekularnego wirusów, badano, w jaki sposób gammaretrowirusy przenoszą geny pomiędzy gatunkami. Prowadzono szkolenia z metod badawczych stosowanych w projekcie, w tym ewolucjonizmu molekularnego wirusów, pozyskiwanie danych, bioinformatyki, analizy genomu, tworzenia oprogramowania i zaawansowanej analizy statystycznej. Na początku uczestnicy projektu stworzyli dwie biblioteki referencyjne, korzystając z sekwencji z bazy danych GenBank. Jedna była częściową biblioteką sekwencji pol wszystkich dostępnych rodzin endogennych retrowirusów i gatunków XRV (egzogenny retrowirusy). Druga była biblioteką pełnych genomów wszystkich dostępnych rodzin gammaretrowirusów i klasy I. Była ona wykorzystywana do dopasowywania. Sekwencje pol są najbardziej zachowawczą częścią genomów i zostały z tego powodu wybrane po pozyskiwania danych. Zlokalizowano wszystkie potencjalne endogenne retrowirusy w dostępnych genomach ssaków i zastosowano do optymalizacji algorytmów wyszukiwania danych. W projekcie C THE LIGER pracowano nad algorytmami do mierzenia integralności genetycznej, technikami replikacyjnymi oraz wspólnymi delecjami i funkcjami elementów genów otoczki endogennych retrowirusów klasy I. Szczególnie wart uwagi jest algorytm do mierzenia przenoszenia międzygatunkowego genów, korzystający z metody największej oszczędności. Wyniki projektu zostały opublikowane w czterech artykułach. Uzyskane dane i algorytmy znajdą zastosowanie w przyszłych projektach badawczych w tej dziedzinie. Opisanie zdolności wirusów do przekraczania granicy gatunków pomogłoby lepiej zrozumieć transmisję wirusów odzwierzęcych i stworzyć środki profilaktyczne.
Słowa kluczowe
Endogenny retrowirus, genom, gammaretrowirus, bioinformatyka, retrowirus egzogenny, odwrotna transkryptaza, pozyskiwanie danych, algorytmy, metoda największej oszczędności
