Descripción de la transmisión vírica entre especies
Los socios del proyecto financiado por la Unión Europea «C THE LIGER» han examinado cómo los retrovirus gamma se transmitieron entre diferentes especies empleando técnicas genómicas y bioinformáticas, así como modelos de evolución molecular viral. Las actividades para mejorar la capacidad investigadora de los socios incluyeron la formación en áreas como la evolución molecular de los ERV, la minería o exploración de datos, la bioinformática, el análisis del genoma, la programación informática y la estadística avanzada. En primer lugar, los miembros del proyecto confeccionaron dos bibliotecas de referencia genética empleando secuencias procedentes de GenBank. La primera era una biblioteca con secuencias parciales de la transcriptasa inversa pol de todas las familias disponibles de ERV y de especies de XRV (RV exógenos). La segunda era una biblioteca con el genoma completo de todos los retrovirus gamma disponibles y de las familias de retrovirus de clase I, que posteriormente fue utilizada para construir los alineamientos. Para la exploración de datos, los investigadores seleccionaron la biblioteca con las secuencias pol, ya que estas son la parte más conservada del genoma de estos retrovirus. Posteriormente, se localizaron todos los posibles ERV a partir de los genomas de mamíferos disponibles y, seguidamente, estos genomas fueron utilizados para optimizar los algoritmos de exploración de datos. Los socios del proyecto C THE LIGER desarrollaron algoritmos para medir la integridad genética, los procesos de replicación, las deleciones compartidas y la funcionalidad del gen de la envoltura de los integrantes de la clase I de los ERV. Sin duda, el logro más destacable es el desarrollo del algoritmo para medir la transmisión de retrovirus entre especies basado en un método denominado máxima parsimonia. En conjunto, los resultados del proyecto C THE LIGER han supuesto la publicación de cuatro artículos científicos. Además, los datos y algoritmos desarrollados durante el transcurso del proyecto serán de gran utilidad en las investigaciones futuras sobre este tema. La descripción de la capacidad de virus de cruzar la barrera entre especies podría, a la larga, ayudar a comprender las transmisiones de virus zoonóticos y diseñar medidas preventivas.
