De nouveaux biomarqueurs pour le cancer du pancréas
La glycosylation biologique est une modification enzymatique qui attache du glycane (un glucide) à des protéines ou des lipides dans les cellules. Des études précédentes ont montré que cette glycosylation est un indice de carcinogenèse. La progression de la tumeur s'accompagne souvent de modifications du niveau de glycosylation des protéines, ainsi que de la structure des glucides. Des études ont révélé la présence de formes modifiées de protéines glycosylées en N ou en O, pour une large gamme de cancers. La caractérisation d'une glycoprotéine comme biomarqueur pour surveiller la croissance de la tumeur peut être critique, car les parties protéique et glycane révèlent toutes deux des informations importantes. Le projet GLYCOMARKER (Proteomics based identification of biomarkers and cleavage products in pancreatic cancer using glyco-capture technology), financé par l'UE, visait de nouvelles méthodes pour identifier des glycoprotéines associées au cancer. Les chercheurs ont utilisé de nouvelles approches de protéomique et des études par spectrométrie de masse, pour découvrir les facteurs clés du développement de l'adénocarcinome du canal pancréatique. Les scientifiques ont utilisé une nouvelle méthode pour enrichir les sites de modification des protéines en utilisant l'inversion de charge de peptides internes, et conçu des processus pour l'analyse approfondie du traitement post-translationnel des protéines. Ils ont aussi mis au point une stratégie quantitative d'analyse à l'échelle du protéome, pour des tissus cancéreux fixés au formol et inclus dans de la paraffine. Comme preuve de principe de cette méthode, ils ont comparé les modifications du protéome pour des tissus cancéreux du rein et pour des tissus voisins, sains. Une application nouvelle et importante de cette stratégie a été la conception d'une méthode dégradomique pour des tissus fixés au formol et inclus dans la paraffine. La dégradomique consiste à analyser les protéases et leur substrat, impliqués dans la dégradation à l'intérieur des tissus et des cellules. Au contraire de la protéomique, très à la mode, la dégradomique n'est que peu étudiée. Les travaux de GLYCOMARKER ont facilité les recherches dans ce domaine, et ont démontré que la fixation au formol et l'inclusion dans la paraffine n'engendrent pas de dommage protéolytique sur les protéines.
Mots‑clés
Cancer du pancréas, biomarqueur, glycosylation, GLYCOMARKER, dégradomique
