Nuovi biomarcatori del cancro pancreatico
La glicosilazione biologica si riferisce alla modificazione enzimatica che combina i polisaccaridi a proteine o lipidi nelle cellule. Gli studi precedenti hanno dimostrato che una glicosilazione delle proteine alterata costituisce un segno distintivo di carcinogenesi. La progressione tumorale è spesso accompagnata da cambiamenti nel livello di glicosilazione delle proteine, nonché dalle strutture dei carboidrati. Gli studi hanno rivelato forme modificate di glicoproteine N-glicosilate e O-glicosilate in una vasta gamma di tipologie di cancro. La caratterizzazione di una glicoproteina come biomarcatore, per il monitoraggio della crescita tumorale, potrebbe rivelarsi preziosa, poiché sia la proteina sia le frazioni di polisaccaridi contengono importanti informazioni. Il progetto GLYCOMARKER (Proteomics based identification of biomarkers and cleavage products in pancreatic cancer using glyco-capture technology), finanziato dall’UE, ha mirato a sviluppare nuovi metodi per l’identificazione delle glicoproteine collegate al cancro. Il progetto ha utilizzato nuovi approcci di proteomica e studi basati sulla spettrometria di massa con lo scopo di scoprire fattori determinanti nello sviluppo dell’adenocarcinoma del dotto pancreatico. Gli scienziati hanno introdotto una nuova metodologia per l’arricchimento dei siti di modificazione delle proteine utilizzando l’inversione di carica dei peptidi interni, inoltre sono stati progettati dei flussi di lavoro per l’analisi approfondita relativa all’elaborazione post-traduzionale delle proteine. Un ulteriore sviluppo metodologico ha coinvolto una strategia quantitativa per l’analisi completa del proteoma dei tessuti del cancro fissati in formalina e inclusi in paraffina (formalin-fixed, paraffin-embedded, FFPE). Il confronto tra alterazioni del proteoma relative all’ipernefroma e tessuti non maligni adiacenti è stato usato come applicazione per la prova di principio, in relazione a tale metodologia. L’importante e innovativa applicazione ha incluso lo sviluppo della metodologia degradomica nei tessuti FFPE. La degradomica si riferisce all’analisi dei repertori relativi a proteasi e proteasi-substrato coinvolti nella degradazione delle proteine all’interno di cellule e tessuti. Contrariamente alle molte ricerche nel campo della proteomica, la degradomica non è ancora stata studiata in modo approfondito. Le attività del progetto GLYCOMARKER hanno facilitato ulteriori ricerche in questo settore ed è stato dimostrato che il metodo FFPE non danneggia le proteine a livello proteolico.
Parole chiave
Cancro pancreatico, biomarcatore, glicosilazione, GLYCOMARKER, degradomica
