Nowe biomarkery raka trzustki
Glikozylacja jest modyfikacją enzymatyczną, która polega na przyłączeniu węglowodanów glikanowych do białek lub lipidów w komórce. Podczas wcześniejszych badań wykazano, że zmiany w glikozylacji białek są cechą charakterystyczną procesu karcynogenezy. Progresji guza często towarzyszą zmiany poziomu glikozylacji białek oraz zmiany struktury przyłączanych węglowodanów. W badaniach wykrywano zmodyfikowane formy N- i O-glikozylowanych glikoprotein w przebiegu wielu chorób nowotworowych. Wykorzystanie glikoprotein jako biomarkera do monitorowania wzrostu guza nowotworowego może przynieść ogromne korzyści, ponieważ zarówno białka, jaki i reszty glikanowe przekazują ważne informacje. W ramach finansowanego przez UE projektu GLYCOMARKER (Proteomics based identification of biomarkers and cleavage products in pancreatic cancer using glyco-capture technology) pracowano nad nowymi metodami identyfikacji glikoprotein związanych z chorobą nowotworową. W projekcie korzystano z nowych badań na bazie proteomiki i spektrometrii mas, aby wykryć najważniejsze czynniki warunkujące rozwój gruczolakoraka przewodowego trzustki. Naukowcy wprowadzili nową metodę wzbogacania miejsc modyfikacji białek poprzez odwrócenie ładunku tworzących je peptydów oraz opracowali schemat postępowania podczas dogłębnej analizy potranslacyjnego przetwarzania białek. Innym osiągnięciem w dziedzinie metodologii była strategia ilościowej analizy całego proteomu na podstawie zatopionych w parafinie i utrwalonych w formalinie (FFPE) tkanek nowotworowych. Porównanie proteomu raka nerkowokomórkowego z proteomem otaczającej go prawidłowej tkanki ukazało różnice, które stanowiły dowód na słuszność przyjętej koncepcji. Do najważniejszych zastosowań należy opracowanie metodologii badań degradomicznych w tkankach FFPE. Degradomika zajmuje się analizą proteaz i ich substratów uczestniczących w degradacji białek w komórkach i tkankach. W przeciwieństwie do innych dziedzin proteomiki, degradomika jest słabo rozwinięta. Działania w ramach projektu GLYCOMARKER ułatwiły przyszłe badania w tej dziedzinie i udowodniły, że w tkankach FFPE nie dochodzi do proteolitycznego uszkodzenia białek.
Słowa kluczowe
Rak trzustki, biomarker, glikozylacja, GLYCOMARKER, degradomika
