La fonction et l'évolution des longs ARN non codants
Les lncRNA font partie d'une classe d'ARNs impliqués dans de nombreux processus biologiques comme l'inactivation des chromosomes sexuels, l'empreinte génomique ou la régulation de l'expression génétique. À l'heure actuelle, les longs ARN non codants restent les moins étudiés des transcripts génomiques. Le projet EVOLNCRNAS (The origin and functional evolution of long non-coding RNAs), financé par l'UE, a donc été initié pour explorer les aspects les plus critiques de la biologie de ces longs ARN non codants. Les chercheurs ont axé leurs travaux sur l'étude de l'expression des lncRNA au cours du développement des mammifères. Ils ont ainsi généré une base de données transcriptomique portant sur le développement des principales lignées de mammifères. Le but était de comprendre la genèse de ces longs ARN non codants et d'identifier leur fonction et leur contribution dans l'évolution du génome. Les chercheurs ont établi plusieurs profils d'expression pendant le développement des mâles et femelles de sept espèces mammifères dont l'homme, le rat ou la poule et ce, dans neuf organes majeurs comme le cerveau, le cervelet, le foie, le cœur, le rein, les ovaires, les testicules, le placenta et l'endomètre. L'échantillonnage a été réalisé dès que l'ébauche de l'organe en question pouvait être identifiée puis poursuivi tout au long du développement du mammifère jusqu'à l'âge adulte. Cet ensemble de données a ainsi fourni un profil unique de l'expression des gènes pendant le développement des mammifères. Ces librairies ont permis aux chercheurs d'identifier les différents groupes de longs ARN non codants, ceux exprimés tout au long du développement et ceux régulés pendant le développement, puis de les comparer à des facteurs de régulation comme les facteurs de transcription. La comparaison de l'expression des longs ARN non codants avec celle des gènes codants dont la fonction est connue a permis aux chercheurs de prévoir la fonction de ceux impliqués dans le développement de l'organe. Surtout, ils ont ainsi pu identifier les longs ARN non codants responsables, avec les gènes codants des différences phénotypiques entre les différentes espèces de mammifère. Ces recherches réalisées dans un cadre développemental, ont permis de révéler les fonctions potentielles d'une grande partie de gènes comme régulateurs importants intervenant dans le phénotype des mammifères. Les partenaires du projet ont par ailleurs, étudié l'expression des longs ARN non codants dans le placenta en développement de six espèces mammifères et sur un ensemble de trente placentas humains. Les résultats de cette étude devraient faciliter la corrélation entre l'expression des longs ARN non-codants et différentes morphologies du placenta ou l'issue d'une grossesse.
Mots‑clés
Long ARN non codant, EVOLNCRNAS, développement des mammifères, transcriptomique, placenta
