Funkcjonowanie i ewolucja długiego niekodującego RNA
LncRNA to heterogeniczna klasa RNA uczestnicząca w wielu procesach biologicznych, w tym inaktywacji chromosomów płciowych, imprintingu oraz regulacji ekspresji genów. Obecnie lncRNA stanowi najsłabiej zbadaną klasę transkryptów genomicznych. Finansowani przez UE stypendyści projektu EVOLNCRNAS (The origin and functional evolution of long non-coding RNAs) badali najistotniejsze aspekty biologii lncRNA. Naukowcy skupili się na badaniu ekspresji lncRNA w trakcie rozwoju ssaków. Stworzyli wielkoskalowe źródło transkryptomiczne, obejmujące rozwój głównych linii ssaków. Celem było wyjaśnienie tworzenia lncRNA, jak również identyfikacja ich funkcji i wpływu na ewolucję genomu. Profile rozwoju ekspresji objęły samce i samice siedmiu gatunków ssaków, w tym ludzi i szczurów, oraz kurcząt dla dziewięciu głównych narządów (mózgu, móżdżku, wątroby, serca, nerek, jajników, jąder, łożyska i doczesnej). Pobieranie próbek rozpoczęto, gdy tylko można było zidentyfikować zawiązki narządów, i kontynuowano na różnych etapach rozwoju do osiągnięcia dorosłości. Uzyskany zestaw danych dostarczył unikalnego profilu ekspresji genetycznej z całego okresu rozwojowego ssaków. Biblioteki te pomogły naukowcom w identyfikacji zestawów lncRNA, które ulegają ekspresji w czasie rozwoju lub podlegają regulacji rozwojowej, oraz porównaniu do takich regulatorów jak czynniki transkrypcyjne. Porównanie ekspresji lncRNA z genami kodującymi białka, których funkcje są znane, umożliwiło przewidzenie funkcji związanych z rozwojem lncRNA. Co istotne, naukowcy zidentyfikowali lncRNA, które wraz z genami kodującymi białka warunkują różnice fenotypowe między gatunkami ssaków. Badania nad przebiegiem rozwoju ujawniły potencjalne funkcje dużej części genów jako istotnych regulatorów i czynników wpływających na fenotypy ssaków. Ponadto uczestnicy projektu badali ekspresję lncRNA w rozwijających się łożyskach sześciu gatunków ssaków oraz zestaw trzydziestu łożysk człowieka. Oczekuje się, że omawiane badania umożliwią powiązanie ekspresji lncRNA z różną morfologią łożyska i wynikiem ciąży.
Słowa kluczowe
Długie niekodujące RNA, EVOLNCRNAS, rozwój ssaków, transkryptomika, łożysko