L'infrastructure des biobanques européennes prépare un système prototype pour 2010
L'infrastructure consacrée aux biobanques et à la recherche sur les ressources biomoléculaires (BBMRI) vient de passer une étape importante en accomplissant la révision de plus de 300 biobanques européennes majeures. Les gestionnaires de projet, le professeur Kurt Zatloukal de l'université médicale de Graz, en Autriche et le professeur Eero Vuorio de l'université de Turku en Finlande, se sont entretenus avec CORDIS Nouvelles à propos des efforts actuels de la BBMRI visant à mettre le contenu collectif des biobanques à disposition des chercheurs et à développer un système «prototype» qui sera, espèrent-ils, opérationnel d'ici la fin 2010. La phase préparatoire de la BBMRI est financée à hauteur de 5 millions d'euros au titre du septième programme-cadre (7e PC) de l'UE en tant que l'une des nombreuses infrastructures de recherche importantes d'intérêt paneuropéen. La BBMRI cherche à donner aux chercheurs l'accès à une collecte européenne d'échantillons biomédicaux évalués du point de vue de la qualité ainsi qu'à des données pour le traitement et la prévention des maladies humaines. «Pour la première fois, nous sommes en possession d'une vraie carte présentant les types de ressources réellement disponibles en Europe», a déclaré le professeur Zatloukal lors de la récente révision de la biobanque. L'infrastructure de recherche naissante comprend 51 institutions participantes et 190 organismes associés, qui représentent 30 pays de l'UE et associés. La prochaine étape du projet consistera à développer un système prototype, en travaillant avec les biobanques les plus avancées qui posent le moins de difficultés et en en ajoutant d'autres lorsqu'elles seront prêtes. D'après les partenaires du projet, ce prototype, qui comblera le fossé potentiel entre les phases de planification et de mise en place du projet, devrait être opérationnel d'ici fin 2010. «L'Europe est nettement en tête sur tous ses compétiteurs dans ce domaine», a déclaré le professeur Vuorio. «Nous disposons du plus grand nombre d'échantillons et de données relatives aux échantillons au monde. L'Europe a une tradition de longue date en matière de collecte d'échantillons et cela représente un atout majeur. [ .. ] L'objectif est réellement de tirer au mieux profit de ce dont nous disposons.» «C'est une véritable opportunité pour l'Europe car les six infrastructures sur les sciences de la vie qui se trouvent actuellement en phases préparatoires, y compris celles faisant partie de la nouvelle feuille de route, partagent de nombreuses synergies», a ajouté le professeur Zatloukal. Par exemple, chaque infrastructure a des besoins en bioinformatique, et la plupart ont des besoins en terme de biobanque, pour lesquels la BBMRI peut offrir son aide. Les infrastructures, a-t-il déclaré, pourraient avoir «un impact majeur sur l'amélioration de la compétitivité européenne dans un contexte mondial». Le professeur Vuorio a mis l'accent sur l'importance de coder tous les échantillons de façon appropriée afin de protéger la vie privée des patients; de plus, ajoute-t-il, les chercheurs sont intéressés par les grands groupes plutôt que par les individus. «Nous devons supprimer tous les identifiants afin que les chercheurs ne puissent pas retrouver la trace [...] de la personne ayant généré certains échantillons pour la recherche», a ajouté le professeur Zatloukal. L'objectif est de rassembler les données hautement distribuées, collectées dans les centres hospitaliers universitaires et les centres de recherche publique, et d'y fournir un accès commun. L'interface web utilisée par les chercheurs planifiant leurs projets ne présentera que des données relatives aux groupes de personnes qui partagent des caractéristiques communes, a-t-il déclaré, plutôt que des informations relatives à un individu en particulier. En ce qui concerne les défis auxquels font actuellement face les partenaires du projet, le professeur Vuorio a déclaré que «de manière surprenante, les questions techniques sont les plus simples.» Un défi majeur en terme de TI est d'optimiser la valeur des échantillons en mettant en relation le plus d'informations adéquates possibles; cela n'est pas évident, étant donné que les échantillons collectés il y a longtemps pourraient ne pas présenter des informations qui aujourd'hui seraient considérées comme cruciales. «Ces démarches ont été effectuées différemment dans chaque pays, et généralement dans la langue locale», a expliqué le professeur Vuorio. Un autre défi consiste à créer une base de données harmonisée en utilisant les données stockées dans les systèmes qui ne sont pas compatibles actuellement. L'évaluation de la qualité des échantillons afin d'en tirer le plus grand avantage constitue une autre gageure importante. «La standardisation et l'harmonisation sont les objectifs techniques clés», a expliqué le professeur Vuorio. Sur la base de la collecte d'échantillons, toutes les biobanques participant doivent se mettre d'accord sur les moyens normalisés de traiter les matériaux dès le début. En ce qui concerne les échantillons existants toutefois, il est difficile de savoir exactement comment un échantillon collecté il y a 20 ans a été traité initialement. Mais les obstacles majeurs résident dans l'harmonisation des critères éthiques et légaux de chaque État membre. L'éducation en matière de recherche biomédicale et les attitudes adoptées sur le sujet varient selon le pays, au même titre que les interprétations de la législation de l'UE telle que la directive sur la protection des données. Plus important encore, il est nécessaire d'obtenir un «consentement informé» pour n'importe quelle donation d'échantillons destinée à une recherche approfondie, mais il est difficile de savoir comment ces échantillons seront utilisés à l'avenir. «Nous devons désormais collecter les échantillons qui posent les bases de la recherche des 10 à 20 années à venir», a déclaré le professeur Vuorio, «mais il est difficile de prévoir ce qui sera applicable.» «À mon avis, [aucun d'entre] nous ne peut avoir une vision claire de l'aspect qu'aura la science dans 20 ans», a ajouté le professeur Zatloukal. «Nous avons besoin d'une bonne structure de gouvernance afin d'intégrer et de gérer une infrastructure si hautement distribuée, tout en la maintenant suffisamment flexible pour répondre aux nouveaux défis et besoins émergents.» Afin de mieux comprendre la façon dont le public dans diverses régions d'Europe perçoit la recherche biomédicale, la BBMRI mène des travaux sur les groupes cibles et a inclus des questions clés relatives à la biobanque dans le dernier sondage Eurobaromètre. Une rencontre majeure des parties prenantes, dont les organismes de brevetage, les associations médicales et l'industrie, se tiendra à Bruxelles (Belgique) en septembre prochain.